化肥、農藥本來是農業的科技進步，但是農業卻走向濫用化肥、農藥的極端，污染了環境，破壞了生態。生態學家為了保護生態而指導農業，提出“生態農業”的模式。“生態農業”就是保護生態的農業。只要不影響生態，合理施化肥以提高產量，合理使用高效低毒的農藥控制害蟲暴發，都是允許的。但是，許多生態學家主導的生態農業往往走向了另一個極端，聲稱不施化肥、不打農藥、不使用任何化學合成的物質，以確保生態。這其實是有機農業，是把生態農業與有機農業混為一談。我國對有機農業也是倡導的。
蔣高明也把生態農業和有機農業混為一談，他認為只有生態農業才能解決中國的農業問題。有兩篇文章，可以視為他的代表作。
一篇是《未來的生態農莊》。他說：化肥、農藥、除草劑、塑料薄膜、飼料添加劑、轉基因是農業的“六大要素”，也是“六大害”，不僅污染環境，也奪走了農民的利潤；如果搞生態農業，省卻購買這“六大害”的錢，農民的利潤就可增加6倍。如此算賬，不能讓人信服。
第二篇是《和諧型有機農業大有可為》。說的是：北京順義區綠牛農莊占地80畝，實行有機種植、有機養殖，供應城市里的高消費；所產有機蔬菜銷售實行會員制，會員17個，都是白領和老外，每個會員一年會費1.6萬元；還開了個有機西餐廳，價格不菲；由此，農莊每年可賺幾十萬元。蔣高明據此設想：我國年產7億噸秸稈，如果充分利用起來，可以生產5400萬噸有機牛肉供應城市；我國有60億畝草原，雞可以在草原散養，1畝草原上的草籽、草葉、昆蟲能夠滿足1只雞的生存，可以年產60億只有機雞供應城市；肉糧折算，等于全國糧食在現有基礎上提高37%，沒有任何一項農業技術能夠達到如此高的增產效果。
蔣高明就是這樣以“紙上談兵”的方式，用生態農業解決了中國的農業問題，而轉基因本身有那么多問題，所以他反對轉基因。
蔣高明有一篇《轉基因棉退化說明了什么》，從中可以看出他認為的“轉基因本身有那么多問題”其實是他對農業和轉基因的無知。文章說的是：江蘇省大豐市種植轉基因棉花的頭幾年，農藥使用量下降，種植成本下降，畝產量上升，媒體和農學家盛贊轉基因的好處。可是，好景不長，到了第5年，控制了棉鈴蟲，其他“小害蟲”卻集中大暴發，用藥量反而猛增，棉花纖維質量也下降，皮棉占籽棉的比率也下降。對此，蔣高明解釋為：轉入的基因干擾了棉花正常的生長發育。
對此，任何一個農藝師都會否定蔣高明的解釋而做出如下解釋：
1.棉鈴蟲是棉花的主要害蟲，轉入的基因就是抗棉鈴蟲的基因，這個基因產生一種蛋白質，分布在蕾、花、鈴、葉內，棉鈴蟲吃了就會被毒死，卻對其他害蟲無毒。所以，轉基因抗蟲棉只可以省卻防治棉鈴蟲的農藥，不可以省卻防治別的害蟲的藥。棉農以為轉基因抗蟲棉抗一切害蟲，便不再打藥，或打藥很少，一年復一年，“小害蟲”越積累越多，于是便有“控制了棉鈴蟲，其他‘小害蟲’卻集中大暴發，用藥量反而猛增”的情況。
2.基因決定性狀，轉入的抗棉鈴蟲的基因與棉花纖維質量、皮棉占籽棉的比率沒有任何關系。皮棉、纖維退化是正常的退化，常規棉花也會發生這種退化，原因在于棉花的天然異花授粉率在5%以上，所以容易退化，而小麥的天然異花授粉率在1%以下，所以不容易退化。所以小麥可以留種，而棉花不可以留種，必須年年提純復壯，年年換種，否則就退化，不僅皮棉、纖維會退化，轉基因也會退化，一切性狀都會退化。
3.如果像蔣高明解釋的那樣，是“轉入的基因干擾了棉花正常的生長發育”，那么頭幾年棉花纖維質量以及皮棉占籽棉的比率為什么不下降呢？
4.轉基因抗蟲棉不是一個獨立的品種，是給現有的棉花品種轉入抗蟲的基因，全國約有幾十個棉花品種被轉入了抗蟲基因，這幾十個品種分布在全國各地，它們的抗蟲性狀以及各種性狀是有差別的，某地好一些，某地差一些，很正常。但是全國轉基因抗蟲棉一直保持在幾千萬畝，這說明它在總體上是優越的。
蔣高明不懂農業，不懂轉基因，卻批判轉基因，也被主流報紙和網民批判，他以《我對轉基因的真實態度》回應：
第一，轉基因技術一定要研究，如果應用，則需要時間來檢驗。
第二，糧食問題的真正原因，不是種子不爭氣，而是農民不愿意種地，另外，耕地質量因為長期使用化肥、農藥、除草劑、地膜，出現了地力嚴重下降。
第三，轉基因只能抗一種害蟲，防治其他害蟲依然要使用農藥，而且長期種植轉基因作物會引起生態環境的變化。
第四，用生態學的辦法恢復生態平衡，不打農藥，就可控制害蟲，實現低產田向高產田轉變。
這是他重申“用生態農業解決中國農業問題”的觀點，而他的觀點產生于他的僅僅20畝的生態農業試驗田，卻要指導18億畝耕地。
實際上，生態農業或有機農業的有機農產品一般產量較低，價格較高，市場較小，可滿足崇尚有機且收入較高的小眾群體的需要。全世界平均，有機農業約占1%的耕地，卻占10%的銷售額。要解決13億人吃飯問題，要解決70億人吃飯問題，還是離不了化學農業，當然，化學農業也需要生態農業來修復。
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