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控制霉菌污染，首先要了解霉菌的種類及其特點，在此基礎上，才可提出合理、實際有用的防控方法，提高產品的質量安全。
與霉菌的生長繁殖關系密切的有水分、溫度、基質、通風等條件，為此，只有充分的了解霉菌的生長習性，才能為控制霉菌提供理論依據。
（1）水分
霉菌生長繁殖首要條件是保持一定的水分，大部分霉菌于相對濕度90 %以上, 水含量18%的高濕度環境下以上容易生長。當食品中的水分活度為0.98時，霉菌最易生長繁殖，當水分活度在0.7以下時，霉菌的繁殖才受到真正的抑制，阻止產毒。所以，水分越高的產品，雖口感會更好，但伴隨著長霉的風險也會更高。
（2）溫度
溫度對霉菌的繁殖及產毒有重要的影響，不同種類的霉菌其最適溫度是不一樣的，大多數霉菌繁殖最適宜的溫度為25～30℃，在0℃以下或30℃以上，不能產毒或產毒力減弱。就如黃曲霉的最低繁殖溫度范圍是6-8℃，最高繁殖溫度是44～46℃，最適生長溫度37℃左右，但產毒溫度則不一樣，略低于生長最適溫度，其最適產毒溫度為28-32℃。
（3）營養基質
與其它微生物生長繁殖的條件一樣，不同的食品基質霉菌生長的情況是不同的，一般而言，營養豐富的食品（如以碳水化合物為主要成分的植物性食品原料）其霉菌生長的可能性大，天然基質比人工培養基產毒為好。
（4）氧
霉菌為絕對好氣性微生物, 于通氣良好環境下生長較好, 故厭氧下其生長可抑制。
食品加工廠的霉菌污染源一般來自水、通風、操作人員、機械設備、食品原料和包材等。
（1）食品加工過程中常產生大量水汽，易造成墻壁潮濕及冷凝水形成的情況，易滋生霉菌。
（2）一些水槽、水桶、水管、自來水的水龍頭、自來水管、地板與底板等水環境, 由于長期貯水, 所以污染情形常見。如，車間地面、明溝、氣帽有積水潮濕；冷凝水的管路、墻壁、天花板、空調口等；生產過程產生的液體廢棄物未及時清理出車間；離墻離地近的設備表面、潮濕墻面、冷風機容易產生冷凝水滋生霉菌。
（3）空氣中浮游霉菌的二次污染，如空氣中滋生的霉菌、人員走動時地面揚塵中含有的細菌、空調或新風管道吹出的霉菌等。
（4）操作人員自身的二次污染，如手部消毒不徹底、不潔凈衣物手套接觸食品，違反衛生管理制度及不良的衛生習慣，如不按規定佩戴口罩遮住鼻子、包裝間沒按規定穿連體衣等等。
（5）設備、容器的交叉感染，如設備、容器不按規定流程定期清洗等、消毒液選用不當或使用劑量不夠等。
（6）原料帶入的二次污染，可能由于質量不過關或者在儲存條件不當受到霉菌污染。
（7）通過包材的污染，如包裝材料密封性不好，外包裝或包裝袋表面不清潔，附著有微生物，若殺菌不徹底，則其殘留的霉菌素會直接污染食品。
1、控制車間溫濕度
對生產車間霉菌有效控制，首先必須控制車間的溫度和濕度，常開抽濕機及空調，尤其是潮濕天氣，建議車間溫度在24度以下，濕度控制在55%以下，確保車間干爽，因為過高的溫濕度會促進霉菌的生長。同時應設有效的換氣設施，保證車間抽濕機正常運轉，保證車間內部空氣能夠達到要求指標，空調的換氣程度好壞直接影響到霉菌的產生。如果車間能保證及時將含有大量水份的空氣排出車間，以防止室內溫度過高、蒸汽凝結或異味等發生，大大縮小了可能存在霉菌的可能性。
2、對車間進行空氣消毒
包裝間可配上臭氧消毒機、紫外燈（裝在包裝機上方）等。晚上工人下班后，每日車間的空氣殺菌可采用臭氧消毒機和紫外線等同時進行，防止空氣中滋生的微生物累加到白天造成對產品不利，當然，要記得下班后打開，第二天上班前關閉，消毒期間人員必須撤離。在潮濕天氣，建議包裝間每隔2周用甲醛進行徹底的熏蒸消毒。
3、班前、班后工器具注意消毒
酒精噴霧消毒是制造食品時防止霉菌與細菌污染常用的方法， 每天班前、班后對車間內部墻壁、風機、下水道、案面、手部、圍裙套袖、預冷庫和庫門、速凍庫門、包裝室、工器具消毒間使用75%的酒精噴灑消毒，班中每2小時對風機、墻壁、下水道實施75%的酒精噴灑。
4、控制車間內衛生，避免死角位
首先要保持生產車間的內部工具的清潔和衛生，注意對一些衛生死角進行嚴格的衛生清理和保持。每天下班后清洗干凈工器具、設備等，每半月實施一次深度清潔。即管理者與操作人員應具有衛生觀念, 隨時注意操作的衛生與減少污染的可能性 , 必須從加強員工衛生教育著手。比如，操作案面的背面，天花板、墻壁、空調、制冷風機、抽濕機、干手機等的衛生清理，清理完衛生后所有的墻壁、天棚、設備、器具、案面表面要用酒精擦兩遍以上。
5、保證操作人員的清潔衛生
人員的工作服、更衣室等，必須保持衛生清潔，定期清洗和進行紫外線或臭氧殺菌，防止人為造成霉菌的交叉污染(不可在有人情況下殺菌)。
工人每次進入車間前（尤其是冷卻包裝間），先用洗手液洗手，然后換工作服、戴袖套、圍裙、帽子、口罩，然后雙手泡入消毒液（二氧化氯溶液或在超市買家庭用的消毒液稀釋）中5秒，然后直接甩干或用干手機烘干。
6、杜絕車間的污染源，設置潔凈室
在食品工廠內的加熱后放冷至包裝階段，為最需防止外部浮游菌侵入和落菌的污染，有條件可以設置潔凈室，利用空氣導入設施，將可達到空氣潔凈化, 減少污染的目的。
