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食品微生物檢驗是一門應用微生物學理論與實驗方法的一門科學，是對食品和微生物的存在與否及種類和數量的驗證。眾所周知，在生物科學中，微生物學是一門實踐性最強的學科之一，它有一套自己獨特的研究方法。
要學習好微生物檢驗，必須具有食品微生物學等學科的基礎，要熟悉各種致病菌的生物學特性；掌握各種致病菌、霉菌和病毒的檢驗程序。
檢驗前準備
(1)準備好所需的各種儀器，如冰箱、恒溫水浴箱、顯微鏡等。
(2)各種玻璃儀器，如吸管、平皿、廣口瓶、試管等均需刷洗干凈(121℃20min)或干法(160℃一170℃，2h)滅菌，冷卻后送無菌室備用。
(3)準備好實驗所需的各種試劑、藥品，做好普通瓊脂培養基或其他選擇性培養基，根據需要分裝試管或滅菌后傾注平板或保存在46℃的水浴中或保存在4℃的冰箱中備用。
(4)無菌室滅菌；如用紫外燈法滅菌，時間不應少于45min，關燈半小時后方可進入工作；如用超凈工作臺，需提前半小時開機。必要時進行無菌室的空氣檢驗，把瓊脂平板暴露在空氣中15min，培養后每個平板上不得超過15個菌落。
(5)檢驗人員的工作衣、帽、鞋、口罩等滅菌后備用。工作人員進入無菌室后實驗沒完成前不得隨便出入無菌室。
樣品的采集與處理
在食品的檢驗中，樣品的采集是極為重要的一個步驟。所采集的樣品必須具有代表性，這就要求檢驗入員不但要掌握正確的采樣方法，而且要了解食品加工的批號、原料的來源、加工方法、保藏條件、運輸、銷售中的各環節，以及銷售入員的責任心和衛生知識水平等。樣品可分為大樣、中樣、小樣三種。
大樣指一整批，中樣是從樣品各部分取的混合樣，一般為200g小樣又稱為檢樣，一般以25g為準，用于檢驗。樣品的種類不同，采樣的數量及采樣的方法也不一樣。但是，一切樣品的采集必須具有代表性，即所取的樣品能夠代表食物的所有成分。如果采集的樣品沒有代表性，即使一系列檢驗工作非常精密、淮確，其結果也毫無價值，甚至會出現錯誤的結論。
取樣及樣品處理是任何檢驗工作中最重要的組成部分，以檢驗結果的準確性來說，實驗室收到的樣品是否具代表性及其狀態如何是關鍵問題。如果取樣沒有代表性或對樣品的處理不當，得出的檢驗結果可能毫無意義。如果根據一小份樣品的檢驗結果去說明一大批食品的質量或一起食物中毒的性質，那么設計一種科學的取樣方案及采取正確的樣品制備方法是必不可少的條件。
食品微生物檢驗采樣方法
按照上述采樣方案，能采取最小包裝的食品就采取完整包裝按無菌操作進行。
不同類型的食品應采用不同的工具和方法：
①液體食品，充分混勻，用無菌操作打開包裝，用100ml無菌注射器抽取，注入無菌盛樣容器。
②固體樣品，大塊整體食品用無菌刀具和鑷子從不同部位割取，割取時應兼顧表面與深部，并注意其代表性，小塊大包裝食品應從不同部位的小塊上切取樣品，放入無菌容器。
③冷凍食品，大包裝小塊冷凍食品按小塊個體采取，大塊冷凍食品可以用無菌刀從不同部位削取樣品或用無菌小手鋸從凍塊上鋸取樣品，也可以用無菌鉆頭鉆取碎屑狀樣品，放入盛樣容器。
②③所述食品取樣還應注意檢驗目的需檢驗其品質情況，應取探部樣品。
④生產工序監測采樣：若需檢驗食品污染情況。
a．車間用水：自來水樣從車間各水龍頭上采取冷卻水。
b．車間臺面、用具及加工人員手的衛生監測：用5cm2孔無菌采樣板及5支無菌棉簽擦拭25cm2面積《若所采表面干燥，則用無菌稀釋液濕潤棉簽后擦拭，若表面有水，則直接用棉簽擦拭》，擦拭后立即將棉簽頭用無菌剪刀剪入盛樣容器。
c．車間空氣采樣：直接沉降法。將5個直徑90mm的普通營養瓊脂乎板分別置于車間的四角和中部，打開乎皿蓋5min，然后蓋蓋送檢。
