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以產品為基礎的美國模式
對轉基因生物的管理依據產品的用途和特性來進行，在原有法規的基礎上增加基因工程的內容，由分管部門負責制定相應的管理規章，認為轉基因生物與非轉基因生物在安全性方面沒有本質的區別，一般只要求轉基因產品達到與傳統產品一樣的安全標準，但是對一些安全性還缺乏充分認識的轉基因生物及其產品（如質量性狀、多基因和復合性狀的轉基因作物，醫藥和工業用轉基因植物）就有十分嚴格的安全管理規定。
以過程為基礎的歐盟模式
對轉基因生物的管理基于研制過程來進行，著眼于研制過程中是否采用了轉基因技術，認為轉基因技術本身具有潛在的危險，所以采取單獨立法的形式建立轉基因生物安全管理法規體系、執法體系和技術體系。
中間模式
加拿大比較接近美國模式，澳大利亞接近歐盟模式，但都有自己的特點，甚至聲稱是世界上最好的管理體制。其突出的特點是：在加拿大農業轉基因生物由農業部牽頭統一管理，而在澳大利亞，國家頒布基因法，基因產品由新建立的基因技術行政長官及其辦公室全權負責管理。
一、美國轉基因生物安全管理
美國有5個機構負責對轉基因生物進行協調管理。其中，國立衛生研究院（NIH）早在1976年即制定了《重組DNA分子研究準則》，對實驗室研究進行安全管理。職業安全與衛生管理局（OSHA）負責生物技術從業人員勞動保護方面的安全管理。而真正對農業轉基因生物及其產品從研發到應用實施生物安全管理的政府部門主要是農業部（USDA）、環境保護局（EPA）和食品藥物管理局（FDA）。這3個部門的管轄范圍是按照轉基因產品的用途來分工的，其中，農業部負責植物、獸用生物制品以及一切涉及植物病蟲害等有害生物的產品的管理；環境保護局負責植物性農藥、微生物農藥、農藥新用途及新型重組微生物的管理；食品藥物管理局負責食品及食品添加劑、飼料、獸藥、人藥及醫用設備的管理。因此根據產品性質和用途的不同，一個產品可能受一個部門管理，也可能受2個甚至3個部門管理。
在轉基因植物的管理上，農業部負責作物種植生產的安全性，食品藥物管理局負責食品和藥物的安全性，環境保護局負責涉及農藥應用的環境安全性，3個部門相互協調工作。
二、歐盟轉基因生物安全管理
歐盟對轉基因生物及其產品的安全管理經歷了一個比較復雜的變化過程。歐盟轉基因生物安全管理法規、執法管理機構和技術支撐體系都先后發生了較大的變化，但其以 技術為基礎實施安全管理的根本思想沒有發生變化，即產品研發過程中是否采用了轉基 因技術。
歐盟與農業轉基因生物安全相關的主要法規包括兩大類：一類是橫向系列的法規；另一類是與產品相關的法規。前者包括基因修飾微生物的封閉使用指令，基因修飾生物（GMOs）的有意釋放指令，基因工程工作人員勞動保護指令；后者則包括基因修飾生物及其產品進入市場的指令，基因修飾生物與病原生物體運輸的指令，飼料添加劑指令，醫藥用品指令和新食品指令等。
自1990年始，歐盟由第十一總司（環境、核安全以及公民保護）負責轉基因生物安全橫向系列法規管理。而涉及產品相關法規的管理機構較多，包括工業總司、農業總司、運輸總司。此外，還有科學、研究與發展總司，歐盟聯合生物技術聯合研究中心，以及環境系統、信息、安全聯合研究中心，為研究開發、安全評價、檢測等工作提供服務；消費者政策與消費者健康保護及植物科學委員會負責轉基因生物及其產品應用于人類、動物及植物的相關科技問題，以及除食品外的可能影響人類、動物健康或環境的轉基因產品如殺蟲劑的管理。
2004年開始，歐盟對轉基因生物及其產品實行集中管理，主要由新成立的食品安全管理局（EFSA）負責農業轉基因生物安全管理。現行的轉基因生物安全管理法規依然有水平系列和產品系列兩類法規，主要包括《關于轉基因生物有意環境釋放的指令》（2001/18/EC指令）、《關于轉基因微生物封閉使用的指令》（98/81/EC指令）、《關于轉基因食品和飼料條例》（1829/2003條例）及其實施細則（641/2004條例）、《關于轉基因生物的可追蹤性和標識及由轉基因生物制成的食品和飼料產品的可追蹤性條例》（1830/2003條例）。此外，歐盟各國還有本國各自的農業轉基因生物安全管理法規體系。各國的國內法一方面隨著歐盟法規的變化而進行相應的修訂和調整，同時也根據各自具體情況，制定了適于本國國情和利益的轉基因生物安全管理法規、程序和要求。總體而言，歐盟及其成員國轉基因生物安全管理法規體系比較復雜，意見難以統一，決策時間長。
三、國際組織農業轉基因生物安全管理
自20世紀80年代后期開始，聯合國糧農組織（FAO）、世界衛生組織（WHO）等國際組織就開始制定關于轉基因植物及其產品的安全評價規范，致力于轉基因生物安全的國際協調管理。聯合國糧農組織（FAO）、工業發展組織（UNIDO）、經濟合作與發展組織（OECD）、國際食品法典委員會（CAC）、世界衛生組織（WHO）以及環境規劃署（UNEP）等國際組織組織制定了一系列有關農業轉基因生物安全管理的法規和準則。國際食品法典委員會針對轉基因食品安全管理制定了一系列指導原則和規范。在《21世紀議程》《生物多樣性公約》《關于環境與發展的里約宣言》和《卡塔赫納生物安全議定書》中，分別對轉基因生物及其產品安全管理的原則和程序進行了規定。世貿組織（WTO）則考慮在《衛生與植物衛生條約》（SPS）和《貿易技術壁壘條約》（TBT）的基礎上，制定有關轉基因產品（特別是轉基因農產品）安全管理和標識制度的規定。
盡管各國農業轉基因生物安全管理的制度不同，但是，美國、歐盟、加拿大、澳大利亞、日本等均已形成了穩定和比較完善的轉基因生物安全管理法律法規體系。在這些發達國家之間存在一些共同的特點。了解這些特點對于我國加強轉基因生物安全管理具有重要的參考意義。
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一、法律法規體系不斷完善，與保障安全維護國家權益相適應
自1980年代中期以來，各國政府和國際組織紛紛立法，從最大程度維護本國利益出發，制定了一系列明確、具體的法規、程序和規范，對轉基因生物從研發、應用到上市后監管和進出口活動實施全面的安全管理。隨著轉基因技術研究及其產業化的不斷發展，轉基因生物安全知識和管理經驗的不斷積累，各國有關轉基因生物安全管理的法規也不斷修訂、補充和完善，經過近20年的發展，現已形成一套比較完善的轉基因生物安全管理法律法規體系。
歐盟則針對轉基因技術單獨立法。歐盟轉基因生物安全管理法規主要包括兩大類: 一是水平系列的法規，包括《關于轉基因生物有意環境釋放的指令》（2001/18/EC指令）和《關于轉基因微生物封閉使用的指令》（98/81/EC指令）；二是與產品相關的法規，包括《關于轉基因食品和飼料條例》（1829/2003條例）及其實施細則（641/ 2004條例）和《關于轉基因生物的可追蹤性和標識及由轉基因生物制成的食品和飼料產品的可追蹤性條例》（1830/2003條例）。
澳大利亞、新西蘭、日本、韓國、俄羅斯和印度等國對轉基因產品的研究和應用進行嚴格管理，并（擬）對轉基因食品實行標識制度。澳大利亞發布了《基因技術法》和《基因技術管理條例》。
二、行政監督管理有效，與生物產業發展相適應
依法加強行政監管是世界各國推進轉基因生物安全管理的共識。美國、加拿大、歐盟等發達國家（集團）均以法律為武器、行政監管為手段，加強管理機構建設，形成了一套機構健全、隊伍穩定、責職分明、全程監管、應變迅速、高效可靠的轉基因生物安全行政監管體系，以適應其經濟和產業發展需要，保護本國生物安全和經濟發展。
日本對轉基因產品的監督單位主要是農林水產省下設的獨立法人單位“農林水產 消費技術中心”。該中心在全國設有7個分中心，分別負責不同地區產品標識情況的調查和監督。
三、技術支撐體系健全，與風險分析要求相適應
為了確保生物安全風險分析的高水平和高質量，世界各發達國家紛紛投巨資加強農業轉基因生物安全研究和安全評價與技術檢測監測機構能力建設，已經形成了與風險分析相適應、實力強、水平高、中立、權威的轉基因生物安全技術支撐體系。近年來，歐盟、美國和日本等國在已有良好基礎的條件下，繼續加大對農業轉基因生物安全性科學研究的力度，持續增加有關生物安全評價、檢測、監測和監控機構建設等相關基礎設施的投入和政策支持。這些國家的生物安全技術支撐體系健全，無論是國家級安全研究、 安全評價、安全檢測機構，還是地方級安全監控單位與生態環境監測點，都擁有專職的技術人員、先進的實驗設施條件、現代化的信息服務網絡，以及安全、配套的轉基因生物測試、示范和監測基地（基點）。
四、公眾廣泛參與，與社會發展相適應
國外十分重視轉基因生物管理過程中的科學性和透明度，本著公開透明、尊重民意、以人為本的思想，采取多種有效形式方便公眾參與，有的國家甚至在轉基因生物安全管理的全過程都有社會公眾的參與。
近年來，日本十分重視公眾對轉基因生物安全管理的態度，針對消費者對轉基因產品的認識、擔心、信賴等問題，開展廣泛的社會調查。農林水產省設立了消費者接待室，用圖、文、實物展示生物技術的原理、過程，以消除消費者的疑慮。厚生勞動省則由專家、生產者和消費者代表組成常任機構對轉基因生物的安全評價結果進行審議。
