合理使用獸藥：首先，應嚴格掌握獸藥的適用癥，如使用抗菌藥物前應盡可能做病原檢驗，有條件的進行藥敏實驗，作為選藥和調整用藥的參考。其次，應選擇合適的劑量和療程，既要避免劑量過大造成藥物浪費和毒性反應，又要避免劑量不足所致的病情遷移、復發和耐藥性。療程盡量縮短。再次，一種藥物能控制的感染，不要隨意使用幾種藥物。可用窄菌譜的，不用廣譜藥。最后，要嚴格掌握預防、治療和促生長藥物的品種劑量、時程和所需條件，不要將易產生耐藥性的藥物低劑量、長時間添加使用。病原耐藥性一旦產生后，并不一定穩固，停用有關藥物后，敏感性可能會逐漸恢復 （如細菌對慶大霉素的耐藥性）。因此，要根據變化遷移情況，有計劃地將獸藥分期分批交替使用，這對防止或減少耐藥性有較好作用。

防止耐藥病原體交叉感染：對被耐藥菌感染的畜禽，要使用有效的藥物予以治療，直到畜禽痊愈。畜禽出欄和轉群后要徹底消毒。對耐藥菌感染的場地、欄舍、車輛、用具及廢棄物等，更應嚴格處理。對飼養員、獸醫及動物經常接觸的人員，要定期檢查帶菌情況，發現攜帶耐藥菌的要嚴格消毒和治療處理，并應暫時調離崗位，避免耐藥菌傳播給他人和其他畜禽。