茭瓜的形成是由于茭瓜體內寄生著穗菌，其菌絲體隨植株的生長，到初夏或秋季抽苔薹時，主莖和早期分蘗的短縮莖上的花莖組織受菌絲體代謝產物―吲哚憶酸的刺激，基部2-7節分生組織細胞增生，膨大成肥嫩的肉質莖（菌癭），即食用的茭瓜，茭瓜因有粉菌共生而表現出了種性的不穩定性，這與其他無性繁殖作物有很大區別，必需每年選種及去雜去劣，才能保持其優良的種性。

選擇當年具有質嫩、色白、體圓、上市早、產量高、種性強、上市集中，具有本品種優良性狀、結茭多、沒有雄茭和灰茭的植株，具體的做法是：

孕茭初期，視全田，發現生長特別高大，但無孕茭的茭墩，要插一樹枝，做好標記，在采收結束后及時連根及地下  莖挖除，因為這些株叢已產生變異，或為“雄茭”，或為遲熟，在采收過程中，發現肉質莖明顯短小，剝開拗斷肉質莖發現是“灰”茭，也要隨時做好標記，或茭白瘦小的茭墩，在采收結束后一并徹底挖除。

2、在去雜去劣的基礎上，采收過程中如發現整個株叢多數分蘗生長整齊，結茭早，孕茭期集中，茭肉肥大白嫩，符合品種特征的茭墩，無雄茭和灰茭，結茭節位低，產量較高，則將其作為入選種株，于采收結束后留作第二年的種苗。