秋冬茬西芹利用大棚、溫室等設施栽培，因保護地內溫度高、濕度大，易發生病害。現將常見的4種病害的防治措施簡要介紹如下。

軟腐病 主要發生于葉柄基部和莖上。先出現水浸狀、淡褐色紡錘形或不規則形凹陷斑，然后呈濕腐狀，變黑發臭，只殘留表皮。病菌在土壤中越冬，從傷口侵入，借雨水或灌溉水傳播蔓延。濕度大時發病重，有時和凍害或其他病害混發。防治措施：實行3年以上輪作；移栽、松土時避免傷根；雨后及時排水；發現病株及時挖除，并撒石灰消毒，減少澆水或暫停澆水；發病初期用72%農用硫酸鏈霉素可濕性粉劑3000倍液噴霧防治。

斑枯病 主要危害葉片。發病初期病斑呈圓形或不規則形，邊緣明顯，黃褐色，中央灰白色，上散生黑色小點。冷涼、高濕、多雨或植株衰弱時發病重。防治措施：加強田間管理，增強植株抗病能力；降溫排濕，縮小晝夜溫差，減少結露，不要大水漫灌，可膜下暗灌；發病初期可以噴施5%百菌清粉塵劑，每次每畝用藥1公斤，也可以噴施75%百菌清可濕性粉劑600倍液或加瑞農47%春雷·王銅可濕性粉劑500倍液防治。

菌核病 主要危害莖、葉。病部初呈褐色水浸狀，濕度大時形成軟腐，表面生出白色菌絲，后形成鼠糞狀菌核。氣溫15℃、相對濕度85%以上時易發病和流行。防治措施：與其他作物實行3年輪作；發病初期可以噴施50%腐霉利可濕性粉劑或50%異菌脲可濕性粉劑或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑600倍液防治，也可以噴施5%百菌清粉塵劑，每次每畝用藥1公斤。

病毒病 全株都會受害，出現葉片皺縮、花葉等癥狀。病毒在田間主要通過蚜蟲傳播，也可以通過操作接觸傳毒。栽培管理條件差、干旱，蚜蟲數量多，發病重。防治措施：防治蚜蟲；加強肥水管理，促進植株生長健壯，提高抗病能力；發病初期噴施植病靈1.5％烷醇·硫酸銅水乳劑1000倍液或病毒A 20%嗎胍·乙酸銅可濕性粉劑500倍液防治。