金針菇為好氣性真菌，在代謝過程中需要不斷吸收新鮮空氣。金針菇在催蕾期和子實體生長前期需要消耗大量的氧氣，特別是在大量栽培時，當空氣中二氧化碳濃度積累量超過0.6％，子實體和菌蓋的發育就會受到抑制。但在子實體長至4厘米左右時，需要控制菇棚內的氧氣含量，因為此后若菇棚內氧氣含量較高，則金針菇菇針短，菇帽容易開傘。

金針菇催蕾期和子實體生長前期補氧方法：每天將菌袋外覆蓋的薄膜揭開，并在早晨和傍晚打開棚室前后通風口通風1小時，然后將菌袋外的薄膜蓋嚴保濕，關閉棚室前后的通風口。這樣既可以補氧，又可以使菇棚內保持較高的濕度，有利于催蕾和子實體發育。

子實體迅速發育期要控氧，為保持菇房內空氣新鮮，棚室前后通風口全天開放。為降低子實體周圍的氧氣含量，菌袋外覆蓋的薄膜要蓋嚴，但需在早晨和傍晚各通風一次，排出菌袋附近的不良氣體。可以在早晨和傍晚給覆蓋在菌袋外的薄膜鼓風一次通風換氣，時間為10分鐘左右。