烤煙生長發育需水量較大，但對土壤通氣性要求相當嚴格，不能忍受土壤過濕和積水。土壤過濕，不但影響根系發育，減少地上部莖葉的生長量，延遲成熟，且易誘發各種病害。育苗期的猝倒病、炭疽病，大田生長期間的黑脛病、低頭黑都與土壤濕害有密切關系。暴雨后天晴，葉斑病（尤其是赤星病）大量發生，危害很大。土壤過濕還會降低煙葉的品質，使烘烤后煙葉單位面積重量彈性降低，香氣不足。如果雨水過多而發生澇害，對產量和品質的影響就更大。淹水后造成土壤缺氧，根系吸水機能受阻。植株失去膨壓，表現出凋萎癥狀。如果很快排干積水，對生長影響比較小。若淹水１２小時，植株生理生化就會發生變化，植物堿含量減少，而還原糖含量提高。淹水１２小時和２４小時，干物質積累比對照低１２％和４５％。不同生育期淹水造成的損失不同，１２～１３片葉時受淹比１７片葉受淹傷害更大。淹水后，下部煙葉變黃，并逐步向上擴展，淹水超過２天，大部分植株將萎蔫死亡。