一、綜合治理
　　
　　貫徹“預防為主，綜合防治”的植保方針，通過培育壯苗，栽培管理，改善和優化小尖椒生長環境，營造一個不利于病蟲害發生的環境條件；優先采用農業防治、物理防治和生物防治，必要時使用化學防治，禁止使用國家明令禁止的高毒高殘留農藥，推廣使用高效低毒低殘留農藥，并嚴格按照安全間隔期采收。
　　
二、農業防治
　　
　　包括加強栽培管理，實行輪作制度，合理布局茬口，選用前作未種植茄果類蔬菜的田塊等農藝措施。具體如種子處理，苗床消毒，培育無病蟲害壯苗；高溫悶棚殺菌；清潔田園，及時清除病株、病枝、病葉、病果等，降低病蟲源數量；精細管理，改善菜地環境等。
　　
三、物理防治
　　
　　定植時采用銀灰色地膜覆蓋，或插小竹片并吊銀灰色膜條以避蚜，或在大棚內懸掛黃色粘蟲板，以粘住蚜蟲、白粉虱；采用防蟲網覆蓋，以阻隔害蟲侵入棚內危害和產卵；或利用頻振式殺蟲燈、性引誘劑等誘殺夜蛾科害蟲，從而殺滅成蟲，降低田間產卵量，減少害蟲基數，控制害蟲為害蔬菜，盡量少用或不用化學農藥。
　　
四、化學防治
　　
　　合理選用農藥，嚴禁使用高毒高殘留化學農藥，有限度地使用部分高效低毒的化學農藥，并合理輪換，交替使用，能挑治的不普治，安全間隔期過后方可采摘上市。小尖椒秋延后設施栽培主要病害有病毒病、疫病、炭疽病等。病毒病是整個生長期的主要病害，發病初期可用20%病毒A500-700倍液噴霧，隔7天1次，連噴2-3次，或1.5%植病靈乳油1000-1500倍液噴霧，受害嚴重的植株應拔除并消毀，以免傳染。疫病以預防為主，可用25%甲霜靈可濕性粉劑500倍液、64%殺毒礬500倍液或72%杜邦克露600-800倍液，7-10天噴1次，并結合灌根連續防治2-3次。炭疽病可用50%炭疽福美可濕性粉劑800倍液或25%炭特靈600倍液，每隔5-7天噴1次，連噴2-3次。蟲害主要有白粉虱、蚜蟲、紅蜘蛛、薊馬、茶黃蟥和煙青蟲等。白粉虱、蚜蟲會傳播病毒病，應及早防治，藥劑可選用10%蚜虱凈或10%一遍凈2000-3000倍液噴霧。紅蜘蛛、茶黃螨、薊馬可選用1.8%愛福丁乳油2000倍或1%殺蟲素3000倍液噴霧防治。煙青蟲應在幼齡期噴藥防治，可用5%抑太保2000倍液、10%滅掃利2000倍液或5%銳勁特2000-3000倍液噴霧，噴藥應著重于植株上部的幼嫩部位，每隔5-7天噴藥1次，連噴2-3次。
　　
五、農藥殘留檢測
　　
　　小尖椒采收上市前要用蔬菜農藥殘留速測卡到田頭逐戶進行農藥殘留定性檢測，凡農藥超標，一律不得上市。整個收獲期間，對小尖椒進行不定期的、經常性的農藥殘留檢測。小尖椒開始采收后要嚴格控制化學農藥的使用，并且每次用藥后檢測合格方可上市。
　　
六、采收標準、包裝、運輸
　　
　　1、采收標準適時收獲新鮮嫩綠小果，長度為6-8厘米，大小均勻，無畸形、病斑、蟲斑，色澤光亮。
　　
　　2、包裝要求包裝（箱、筐、袋）大小一致、牢固、清潔、干燥、透氣，無污染、無異味、無霉變現象。包裝上應注明產地、凈含量、生產單位（農戶）和采收日期。
　　
　　3、運輸運輸工具要清潔無污染，運輸時做到輕裝輕卸，嚴防機械損傷，并注意防曬、防雨淋、防高溫和通風換氣，防止二次污染。