小麥紋枯病主要危害基部葉鞘和莖稈，麥種發芽后芽鞘受病菌侵染變褐，最后腐爛枯死。麥苗3～4葉期，近地面葉鞘上先產生淡黃色小斑，后發展成典型的黃褐色梭形或眼點狀病斑。病部逐漸擴大，顏色變深，并向內發展侵染莖稈，導致基部莖節腐爛，幼苗不抽生新葉，猝倒死亡。

小麥紋枯病通常有兩個發生高峰期，分別為冬前和拔節期，冬前的發病程度直接影響到后期危害程度。應掌握在發病初期（10月下旬至11月中旬）和返青期（3月下旬至4月上旬）進行藥劑防治，適用藥有井岡·蠟芽菌、申嗪霉素等，配合噴施復硝酚鈉、磷酸二氫鉀等促進麥苗生長，效果更好。