每年農民買農藥都不可能按量準確購買，一般都會剩一些。為了預防事故，從安全著眼，剩余農藥最好放在木箱內，并在外面貼標簽加鎖。農藥不可與糧食、菜、飼料同室。遠離易燃易爆物，如鞭炮、火藥等；農藥原包裝瓶、袋不能裝食用及家庭日常用品。

農藥多數都有揮發性，存貯要密封。樂果、敵敵畏、辛硫磷等揮發極易造成空氣污染，一定要擰緊瓶蓋，密封保存。

農藥標簽不可丟失，因水濕等原因造成字跡不清時，要人工抄寫，貼在外包裝上。

沒用完時兩種農藥不可混在一個瓶、袋內，以免產生化學反應失效。也有些農藥互相間隔要有較大距離，如堿性、酸性、中性農藥混放在一起會導致藥效降低，變質或失效。存放農藥相對濕度要保持在75%以下，以防因潮濕結塊。同時還要防高溫，如乳劑農藥遇高溫后便會破壞其乳化性能，降低藥效。農藥粉劑在高溫下會使藥效降低。農藥要存放在陰涼、干燥、通風的地方，儲存溫度不超過35℃，但過低溫度也會使液體農藥結冰、凍裂，要保持在1℃以上，天冷可用稻草、稻殼等覆蓋保溫。

許多農藥都怕陽光照射，長期曝曬會使農藥分解變質、失效，所以盡量避光保存。對已失效或剩余極小量農藥要深埋，不可隨便傾倒在池塘、河流里。