香菇菌種
菌絲潔白、粗壯、舒展、均勻，邊緣整齊，生長速度快；在瓶壁呈扇面羽毛狀發展，生長健壯，會分泌醬油色的水珠。菌絲長滿瓶后，10~15天內常見到琥珀色透明液體，并具有香菇特有的芳香氣味，無臭味和霉味。
如瓶內菌絲柱與瓶壁脫離，說明培養料水分過多所致；若既脫離，菌絲柱又開始萎縮，表面菌皮增厚并變為深褐色，說明菌種已開始老化，不能久存，應立即使用。
若菌種柱表面已出現小菇蕾，是好菌種的特征之一，應去掉菇蕾盡快使用；若出現大量菇蕾，則說明菌齡較大已老化，不宜使用。
如果菌種瓶內可以看到木顆粒，是培養時間不足，應再繼續培養一段時間。若所用的米糠質量太差（含谷殼太多），致使菌絲生長不良，應更換培養基，重新生產。
草菇菌種
菌絲密集，健壯，分布均勻，透明，有光澤，呈淡黃白色。有大量黃白色或銹紅色的厚恒孢子堆，為正常的小粒草菇菌種；若厚孢子較少，為大粒草菇菌種。
若瓶內菌絲萎縮、凋零，生長無力，培養基干涸或腐爛，為老化菌種，不能使用。
若菌絲潔白、濃縮或瓶內長出墨汁狀傘菌為鬼傘，也不能使用。
栽培種的菌齡一般不超過20天。
若菌種中出現螨害，應予淘汰。
黑木耳菌種
菌絲潔白，像細羊毛狀，毛短整齊，濃密，粗壯有力，齊頭并進地延伸直至瓶底，生長均勻，上下一致，挖出來成塊，不松散。
菌絲長滿瓶后，在菌體表面一般會分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出現淺黃色透明膠質耳芽。
菌種柱與瓶壁緊貼，瓶內壁附有少量白色水珠的為新鮮菌種。若瓶底有淺黃色積水，菌柱離壁干縮，為老化菌種，不能使用。
正常的菌種有黑木耳特有的芳香氣味，若有臭味和霉味，或出現斑塊狀及球狀不發菌的現象，是細菌污染，若有其它紅、綠、黃、黑等色，說明已被雜菌污染，也不能使用。
培養基與瓶壁之間若出現淺黑色的膠質物（耳基），說明是早熟或擴接次數過多的菌種，栽培后耳片小，數量多，不易長大，品質差，產量低，應予淘汰。
若瓶內可以看到木顆粒而菌絲很少，說明培養時間太短，應繼續培養。若培養一段時間后沒什么顯著變化，說明培養基營養不足，應予補充。
如果菌種長至一半左右或一個角落不再繼續生長，可能是太干或太濕之故。若菌絲生長整齊，濃密，突然出現稀疏，并有一明顯的分界，說明上部料適中，下部壓得過實過密。
種木和枝條菌種的表面和內部均應長滿白色綿狀菌絲，若剖開后不見菌絲，說明種木和枝條太濕，菌絲發育時間太短，應繼續培養。
銀耳菌種
香灰菌絲呈羽毛狀，生長健壯，初期分布均勻，白色，后期在耳基下方出現成束根狀分布，表面黑色疤圈多，無其他色斑，說明香灰菌生長良好。
銀耳菌絲深入培養基即“吃”料深，在耳基下方有厚厚的一層銀耳菌絲，木屑顏色變淡，說明菌絲分解力強。
銀耳菌絲和香灰菌絲二者比例適中，在培養基表面形成潔白體大的白毛團。白毛團生長旺盛，耳基大，說明菌齡小，生活力強，適合木段栽培；若白毛團很小、很多，或瓶內很快出現子實體，說明擴接次數過多，菌齡過大；若白毛團易膠質化變為小木耳，說明菌種已接近生理成熟，均宜代用料栽培。
若香灰菌稀疏，不深入培養料中，子實體呈膠團狀或膠刺狀，不開片，說明培養基太濕或裝得過實。
如果已有羽毛狀的香灰菌，沒有白毛團，則必須如銀耳酵母狀分生孢子才能使用，否則不能使用。
如果上半瓶菌絲稀疏或消失，下半瓶菌絲生長正常，而且耳基變淡紅色，產生大量紅褐色液體，多半是發生螨害。若發現白色絮狀菌膜，則為雜菌污染，均不能使用。
蘑菇菌種
優良蘑菇菌種的菌絲為灰白色，密集，蓬松，呈細絨狀，上下內外生長均勻一致，抗高溫，抗病蟲雜菌，吃料快，無扇形變異。匍匐型菌種的菌絲呈細絨狀分布，無黃白色的菌被。
培養料中的菌絲呈粗索狀或細線狀，呈淡黃色。菌絲干癟萎縮，生長無力，或者上方出現很厚的黃白色菌被，均為老化菌種。
出現綠、黃、黑或桔紅色等染菌孢子的菌種必須淘汰燒掉。
培養基上部菌絲干縮變質，下部菌絲生長良好，說明培養基太干，培養溫度過高。
若培養料中幾乎見不到菌絲，內容物成糊狀，說明溫度過大，菌種過老，不能使用。
猴頭菌種
優良的猴頭菌種，菌絲潔白、濃密、粗壯，上下內外生長均勻一致。在培養料上容易形成子實體。
若菌絲干縮或瓶底有黃色黏液積存，為老化菌種，不能使用。
菌絲生長緩慢無力、纖細，可能是培養料酸度不夠或有機氮不足，應在培養料中增加麩皮或細米糠的用量，以改善菌種的營養條件。
被雜菌污染的菌種不能使用
平菇菌種
優良的平菇菌種，菌絲潔白、粗壯、密集，菌絲生長均勻、整齊，呈粗羊毛狀，爬壁性強。培養半個月左右，在瓶壁內可形成少量珊瑚狀的小菇蕾或白色原基。
多數品種在培養基上方表面形成絨毛狀氣生菌絲，低溫品種氣生菌絲常分泌黃褐色色素，特別是在高溫季節，低溫品種常出現紅褐色或黃褐色的氣生菌絲或黃水，這屬正常現象。
若培養基上方出現大量珊瑚狀子實體或從瓶蓋縫隙處長出子實體，說明菌齡過大，應盡快使用。若培養基干縮，瓶底積存黃水，為老化菌種不能使用。
上部菌絲稀疏、灰暗、無力、干癟，下部菌絲正常，說明初期培養溫度過高，通氣不良，或有細菌污染。如果出現黃、綠、桔紅色，說明已被青霉、木霉和鏈孢霉污染，必須淘汰。
菌絲在瓶中生長一半左右，不再向下生長，說明培養基過干、過濕、過緊，可用上部正常菌種，不再繼續培養。
金針菇菌種
菌絲呈絮狀，潔白、濃密、健壯、富有彈性。有時表面可見到粉狀的粉孢子，為優良菌種。
如有堅韌的菌膜出現，只要除去菌膜也可以使用。
如果菌種干涸，菌柱收縮或菌絲自熔，產生大量紅褐色液體，說明菌種生活能力弱；如出現黃色，則說明菌種老化。