使用者對硬件不需操縱，它們可完成復雜的運行過程，完整的計算機軟件可按實際需要使其執行功能。對操作者來說，圖像分析儀的實際操作很少，幾乎完全是通過一個稱為光電鼠標（mouse）的附件來操縱的。計算機屏幕上顯示出多項指令，可由光電鼠標來指明你所需要的程序，光電鼠標可控制計算機屏幕上的一個光標，移動光電鼠標也隨著移動，將光標移到計算機屏幕上顯示的某項功能的區域內，就表示選擇了該項功能，可以開始工作，極簡便。
圖像分析儀主要包括輸入（input）、中央信息處理機（central processor）和輸出（output）三大部分。實際上，工作程序并不是一成不變的，后面的步驟的信息常會反饋到前面，于是又重復前面的程序，具體步驟如下：
1．標本成像 移動標本使需要觀察的部位在電視攝像機上得到適當放大的圖像，標本包括組織切片或電鏡照片或照相底片等。
2．圖像獲取 用電視攝像機或其他方法將圖像轉變為電信號，在此過程中，攝像機的性能極重要，不能使用那些便宜的適用于監視的電視攝像機，一定要用使圖像具有很好的清晰度的攝像機。
3．加強圖像 加強電子圖像（electronic image）使其更適合于分析。
4．檢測檢測（detection ）是圖像分析過程中設法從圖像中確定并且分離出需要分析灰度相的步驟，“相（phase）”是圖像中我們想要測量的部分的總稱。檢測是通過選擇一定的閾值來完成的，如果所需相比背景暗，那么所有暗于下限的東西都被選，例如相的灰度是20～50，20是下限，50是上限，背景的灰度小于20，檢定時暗于灰度20的東西都被選。如果所需相比背景亮，如免疫熒光細胞化學技術的標本，那么亮于上限的東西都被選。如果所需相比背景亮，如免疫熒光化學技術的標本，那么亮于上限的東西都被選，例如相的灰度是5～20，5是下限，20是上限，背景灰度大于20，所謂上限既指比灰度20淺的亦即灰度20以下的相被選，而背景是暗于上限的，不被選作測量。如果相暗于圖像某些部分而又亮于圖像的另一些部分，那就要在二限之間的部分選擇灰度了。
在檢測過程中要使用圖像框（image frame）和測量框（measurement frame）。檢測只在圖像框內進行，框的大小按需要而定，測量框在圖像之內，是進行測量的部位。兩個框之間的部分稱為保險區。
圖像中每個被測物都有其特有的特征計算點（feature count point, FCP）,FCP在被測物的最底點。這樣當換到相鄰的區域進行測量時，不會使某圖形重復測量，可避免測量誤差，放置標本的顯微鏡載物臺的移動方式，可由計算機控制，用編制好的程序，使載物臺按一定方式移動，也可以人工操作。圖中可以看出每個部位都將通過測量框，不會遺漏。
5．陰影校正校正圖像細節 直到正確無誤并達到能被測量的要求。所謂陰影（shading）是指人眼看來是均勻的視場內存在著不均勻的電子反應，這使得灰度相同的圖像成分由于在視場中所處位置不同而顯示出不同的灰度，這種影響必須校正才能使圖像得到準確測量。陰影有三個主要的來源：
（1）圖像源的不均勻的光照。
（2）穿過透鏡時光路發生變化引起的透鏡陰影。
（3）顯像管本身的圖像靈敏度差異引起的掃描陰影。
任何圖像分析在具體運用中都有這些陰影存在，前二者可通過精密安裝圖像分析儀來控制，后者可通過對顯像管的質量嚴格篩選來減少影響。陰影可貯存起來，并且在每上次掃描時同步地從圖像信號中去掉。
6．測量經以上各步驟后，可以用圖像分析儀的計算機對圖像進行測量來取得所需的參數，如灰度、面積、長度、個數等。原始的參數可由計算機轉化成容易理解的數值，例如面積可由某圖形所占像素數轉化為平方微米，使觀察者容易理解。
7．資料分析 將資料進行分類，并加以說明，以便做出結論。也可將資料貯存，隨意可提取出來，供研究者使用。
8．其他事項
（1）標本要清潔：如果標本上有污點，研究者可分辨哪些是正常的免疫反應產物，哪些是污染引起的，但儀器不會區別，只要是電視屏幕上測量框內有的東西都會被測量，如測灰度時切片上有污點，會影響結果。
（2）電壓要穩定：這一點是結合我國目前情況而言，雖然儀器使用時是通過穩壓器的，也要經常注意穩壓器上的電壓指針是否穩定，否則也影響結果。
（3）價格問題：圖像分析儀廣泛應用于工業、農業、醫學等領域，因此并不是價格愈貴就愈好，而要看我們的應用目的及其性能，以免購置一些用不著的昂貴的附件而造成浪費。一般可以從以下三方面來考察儀器性能：在本專業范圍內應用的廣度、運算的速度和操作的方便程度。
