彩色 DNA 感應器的基本原理與掃描式 DNA 感應器類似，但其差別為所用的金納米粒子有兩種不同的直徑。研究人員研發出一種特殊的化學方法，可將與欲探測的兩種 DNA 序列互補的片段 DNA 予以修飾后個別連接在不同大小的金納米粒子上，其粒子直徑分別為 50 與 100 納米。其中一種 DNA（a）與 100 納米的金納米粒子連結，另外僅有一個堿基差異的相似 DNA（b）則與 50 納米的金納米粒子連結。在玻片上事先固定有單股 DNA 序列（c , d），當此種帶有特殊序列的 DNA-金納米粒子，藉由標的 DNA（ac , bd）分別與玻片上的單股 DNA 序列結合后，再以光照射，50 納米的金納米粒子呈現綠色，而 100 納米的金納米粒子則呈現橘色。
利用此方法，可偵測兩種不同的 DNA 序列。在較低溫度下（攝氏 45 ~ 55 度），二者均可與玻片上的 DNA 配對而呈色，但是將溫度升高至攝氏 60 度后，有差異的 DNA 片段就會因為其中唯一的一個相異的堿基無法配對而結合力減弱，導致脫離，所顯現的綠色也因而消失。
在檢測的過程中，隨著溫度的升高，顏色隨之變化，進而綠色消失，以肉眼即可觀察到。由此結果即可判斷，能夠與直徑為 100 納米的金納米粒子配對的標的 DNA 與 50 納米的金納米粒子配對的另一種標的 DNA 含有不同的序列。
這種方法目前雖只能比較兩種樣品，但是未來仍有改善的空間。可借著改變金納米粒子直徑的大小或形狀的差異，產生不同的顏色而增加測試種類的數目。由于其專一性極高，不但可應用在一般的基因檢驗上，亦可用來偵測基因的單一核酸多型性（single-nucleotide polymorphism, SNP）差異與基因突變所導致的疾病。所謂單一核酸多型性差異是指某些基因在同種但不同的生物個體之間，其 DNA 序列僅只有一個核酸不同，雖然差異極小，但視其基因的重要性仍會造成明顯的個體差異。例如，可能會對某些疾病特別有抵抗性或是特別易受感染。
利用此方法，可偵測兩種不同的 DNA 序列。在較低溫度下（攝氏 45 ~ 55 度），二者均可與玻片上的 DNA 配對而呈色，但是將溫度升高至攝氏 60 度后，有差異的 DNA 片段就會因為其中唯一的一個相異的堿基無法配對而結合力減弱，導致脫離，所顯現的綠色也因而消失。
在檢測的過程中，隨著溫度的升高，顏色隨之變化，進而綠色消失，以肉眼即可觀察到。由此結果即可判斷，能夠與直徑為 100 納米的金納米粒子配對的標的 DNA 與 50 納米的金納米粒子配對的另一種標的 DNA 含有不同的序列。
這種方法目前雖只能比較兩種樣品，但是未來仍有改善的空間。可借著改變金納米粒子直徑的大小或形狀的差異，產生不同的顏色而增加測試種類的數目。由于其專一性極高，不但可應用在一般的基因檢驗上，亦可用來偵測基因的單一核酸多型性（single-nucleotide polymorphism, SNP）差異與基因突變所導致的疾病。所謂單一核酸多型性差異是指某些基因在同種但不同的生物個體之間，其 DNA 序列僅只有一個核酸不同，雖然差異極小，但視其基因的重要性仍會造成明顯的個體差異。例如，可能會對某些疾病特別有抵抗性或是特別易受感染。