腦膜炎球菌（meningococcus）的學名是腦膜炎奈瑟氏球菌(n.meninyitidis)，為流行性腦脊髓膜炎（流腦）的病原菌。革蘭氏陰性雙球菌，在急性期或早期患者腦脊髓液中，大多位于中性粒細胞內，呈腎形成雙排列，凹面相對。電鏡下可以觀察到自病人分離的毒性菌株有微莢膜和菌毛。培養條件要求較高，普通培養基上不生長，在含有血清或血液的培養基上方能生長，如經加熱（80℃以上）的血液瓊脂培養基（稱為巧克力血液培養基）。本菌為專性需氧菌，但初次培養時，在5～10%co2低氧環境中生長最旺盛，最適ph7.0～7.4,最適溫度37℃,培養24～72小時后,菌落呈圓形、光滑、濕潤、透明、微帶灰蘭色。在血清肉湯中均勻生長。
腦膜炎球菌抵抗力弱，對寒冷、日光、熱力、干燥、紫外線及一般消毒劑均敏感。對磺胺、青霉素、鏈毒素、金霉素均敏感，但容易產生耐藥性。根據腦膜炎球菌表面莢膜多糖抗原的不同，將本菌分為a、b、c、d、x、y、29e及w135九個血清群，對人類致病的多屬于a、b、c群，我國95%以上病例為a群，有的地區發現b群和c群。x、y、z等經常在帶菌者中發現，極少致病。以根據外膜蛋白抗原（型特異性）將各血清群分為若干血清型。
腦膜炎球菌的主要致病物質為莢膜、菌毛、內毒素。腦膜炎球菌通常寄居于正常人鼻咽腔，在約有5～10%的健康人鼻咽部帶有本菌，流行期高達20～70%，但帶菌者90%并不病，少數引起鼻咽炎，嚴重者造成菌血癥，僅1～2%的人，經血流或淋巴到達脊髓膜引起化膿性脊髓膜炎。帶菌者和病人是傳染源。腦膜炎球菌經飛沫傳染，也可通過接觸病人呼吸道分泌物污染的物品而感染。潛伏期約1～4天。本病的發生和機體免疫力有密切的關系，當機體抵抗力低下時，侵入鼻咽腔細菌大量繁殖而侵入血流，引起菌血癥和敗血癥，病人出現惡寒、發熱、惡心、嘔吐、皮膚上有出血性皮疹，皮疹內可查到本菌。嚴重者侵犯腦脊髓膜，發生化膿性腦脊髓膜炎，出現頭痛，噴射性嘔吐，頸頑強直等腦膜刺激癥。甚至由于兩側腎上腺出血，發生腎上腺功能衰竭，中毒性休克。上述癥狀的產生，與細菌自溶和死亡釋放出大量內毒素有關。腦膜炎雙球菌和淋球菌能產生一種胞外酶，即lga 蛋白酶，能特異性地裂解人lga1，進而破壞人的正常免疫功能，它在致病中的作用越來越受到重視。
成人對腦膜炎球菌有較強免疫力，感染后僅1～2%的表現腦膜炎。兒童免疫力較弱，感染后發病率較高。母體內抗體可通過胎盤傳給胎兒，故6個月以內嬰兒患流腦很少。感染后體產生的莢膜多糖抗體、抗外膜蛋白抗體，有特異殺傷腦膜炎球菌的作用，抗脂多糖抗體可能在中和毒性方面有一定意義。
對易感兒童注射純化流腦群特異性多糖菌苗，進行特異預防。流行期間可口服磺胺藥物預防。治療流腦首選磺胺，也可用青霉素、氯霉素或氨芐青霉素。