抗菌藥是一把雙刃劍，在治療疾病的同時，如果不正確使用，會導致耐藥菌的發生和傳播，不僅使抗菌藥失效，而且誘發藥品不良反應，甚至使人類重回無抗菌藥使用的境地。濫用抗菌素不僅起不到好作用，反而有許多壞處。抗菌素都有毒性反應，能對肝、腎、血液、神經系統等造成輕重不等的損傷。不正確應用抗菌素，可使某些細菌產生耐藥性，等以后需要用時就不起作用了。還有一種不良后果是產生“二重感染”。所謂“二重感染”，就是在應用抗菌素時由于針對性不強，把一些本來對身體無害的細菌殺死了，而對一些致病性強細菌卻不起作用，反而保留下來。因為原來與其對抗的一些細菌被殺死了，所以它更得以滋長，這就給身體造成了新的威脅，甚至因此受感染而得病。四環素牙、部分兒童聽力障礙等都是長期服用抗菌藥的嚴重不良反應。曾經有效治愈結核病的鏈霉素等抗菌藥，由于多重耐藥菌的產生，現在已經對結核病患者束手無策。因此，國家局規定從2004年7月1日起，對未列入非處方藥藥品目錄的各種抗菌藥物，包括抗生素類和磺胺類、喹諾酮類制劑、抗結核藥制劑、抗真菌藥制劑，在全國范圍內所有零售藥店必須憑執業醫師處方才能銷售。
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