如果進口貨物及收貨人或其代理人對海關征收滯報金的決定不服，可以向作出決定的海關提出，但必須先交納滯報金。該項規定不適用《海關法》第五十三條。海關總署于1992年1月1日公布實施的《海關行政復議實施辦法》，對申請復議的程序作出了具體的規定。
《實施辦法》規定，海關受理的三種情況的復議申請：（1）對海關給予行政處罰不服而提出復議申請的；（2）同海關發生納稅爭議的；（3）對海關的某個具體行政行為不服的。
海關對復議申請的管轄權按下列原則予以規定：（1）不服海關行政處罰申請復議的，由申請人選定的作出行政處罰決定的海關或上一級海關管轄。申請人同時向有管轄權的兩個上下級海關提出復議申請的，由作出行政處罰決定的海關管轄；申請人先后向兩個有管轄權的上下級海關提出復議申請的，由最先收到復議的具體行政行為的海關管轄。（2）同海關發生納稅爭議申請復議的，由作出引起該爭議的具體行政行為的海關管轄。（3）對海關作出的其它具體行政行為不服申請復議的，由作出具體行政行為的海關的上一級海關管轄，（4）對海關納稅爭議復議決定個服再申請復議的，由海關總署管轄。（5）對海關總署直接作出的具體行政行為個服申請復議的，由海關總署管轄。
復議申請人，應按有關法規規定的申請復議的范圍、期限和條件申請復議并按規定遞交復議申請書。
海關復議機關應對復議申請嚴格審核，并自收到復議申請書之日起十日內作出受理和不受理的決定。對符合有關法規規定的復議申請，復議機關應予受理，個得拒絕。對不符合規定的申請，可視情況分別作出不受理、暫不受理、視為未申請和告知當事人到其他有關部門申請復議等決定。
復議機關對夏議申請決定受理，應制作受理決定通知申請人；決定不受理或視為未申請，均應制作復議申請裁決書并載明理由通知申請人。
海關行政復議一般采取書面審理制度。具體程序是：海關復議機關在受理復議申請之日起七日內將復議申請書付本發送被申請人。被申請人應當在收到復議申請書付本之日起十日內，向復議機關提交作出原具體行政行為的有關材料、證據和答辯書。復議人員應認真審閱復議材料，進行調查研究，核實并收集證據，必要時有權要求申請人或被申請人補充提供有關材料和證據。在此基礎上，復議機關根據《復議條例》第四十二條的規定，分別作出維持、補正、限期履行職責、撤銷、變更、貪令重新作出具體行政行為等決定。復議機關作出復議決定，應按規定制作復議決定書。
復議申請人如果對海關復議決定不服，可根據有關規定和復議案件的性質分別向人民法院起訴。除此之外，海關行政復議書一經送達當事人即發生效力。
復議決定一經生效，復議申請人和被申請人均應認真履行。如果復議申請人不履行已經生效的復議決定，海關或復議機關有權依法向人民法院申請強制執行，或由海關依法強制執行。