對加工區運往區外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規定辦理報關手續，并按照制成品征稅。如屬許可證件管理商品，還應向海關出具有效的進口許可證件。
區內企業的加工產品和在加工生產過程中產生的邊角料、殘次品、廢品等應復運出境。因特殊情況需要運往區外時，由企業申請，經主管海關核準后，按內銷時的狀態確定歸類并征稅。如屬進口許可證件管理商品，免領進口許可證件。如屬《限制進口類可用作原料的廢物目錄》所列商品，應按現行規定向環保部門申領進口許可證件。對無商業價值的邊角料和廢品，需運往區外銷毀的，應憑加工區管理委員會和環保部門的批件，向主管海關辦理出區手續，海關予以免進口許可證件、免稅。
區內企業在確有需要時，可將有關模具、半成品等運往區外進行加工。經加工區主管海關關長批準，由接受委托的區外企業向加工區主管海關繳納貨物應征關稅和進口環節增值稅等值保證金或保函后辦理出區手續。
委托區外企業加工的期限由加工區主管海關參照合同期限核定。貨物加工完畢后應按期運回區內。區內企業憑出區時填寫的委托區外加工申請書及有關單證，向加工區主管海關辦理驗放核銷手續。加工區主管海關在辦理驗放核銷手續后，應及時退還保證金或保函。
區內企業銷往區外的機器、設備、模具等，按照國家現行進口政策及有關規定辦理。
區內企業經主管海關批準，可在區外進行產品的測試、檢驗和展示活動。測試、檢驗和展示的產品，應比照海關對暫時進口貨物的管理規定辦理出區手續。
區內使用的機器、設備、模具和辦公用品等，須運往區外進行維修、測試或檢驗時，區內企業或管理機構應填寫《出口加工區貨物運往區外維修查驗聯系單》，向主管海關提出申請，并經主管海關核準、登記、查驗后，方可將機器、設備、模具和辦公用品等運往區外維修、測試或檢驗。
區內企業將模具運往區外維修、測試或檢驗時，應留存模具所生產產品的樣品，以備海關對運回區內的模具進行核查。
運往區外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，不得用于區外加工生產和使用。
運往區外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，應自運出之日起2個月內運回加工區。因特殊情況不能如期運回的，區內企業應于期限屆滿前7天內，向主管海關說明情況，并申請延期。申請延期以1次為限，延長期限不得超過1個月。
運往區外維修的機器、設備、模具和辦公用品等，運回區內時，要以海關能辨認其為原物或同一規格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應一并運回區內。
從區外進入加工區的貨物視同出口，辦理出口報關手續。其出口退稅，除法律、法規另有規定外，按照以下規定辦理：(一)從區外進入加工區供區內企業使用的國產機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設施、加工企業和行政管理部門生產、辦公用房所需合理數量的基建物資等，海關按照對出口貨物的有關規定辦理報關手續，并簽發出口退稅報關單。區外企業憑報關單出口退稅聯向稅務部門申請辦理出口退(免)稅手續，具體退(免)稅管理辦法由國家稅務總局另行下達。
(二)從區外進入加工區供區內企業和行政管理機構使用的生活消費用品、交通運輸工具等，海關不予簽發出口退稅報關單。
(三)從區外進入加工區的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、基建物資等，區外企業應當向海關提供上述貨物或物品的清單，并辦理出口報關手續，經海關查驗后放行。上述貨物或物品，已經繳納的進口環節稅，不予退還。
(四)因國內技術無法達到產品要求、須將國家禁止出口或統一經營商品運至加工區內進行某項工序加工的，應報經商務部批準，海關比照出料加工管理辦法進行監管，其運入加工區的貨物，不予簽發出口退稅報關單。
從區外進入加工區的貨物、物品，應運入加工區內海關指定倉庫或地點，區外企業填寫出口報關單，并持境內購貨發票、裝箱單，向加工區的主管海關辦理報關手續。
從區外進入加工區的貨物，須經區內企業進行實質性加工后，方可運出境外。