1、轉出企業憑外經貿主管部門的深加工結轉批準文件、《申請表》(一式四聯)、《登記手冊》、購銷合同或協議等有關單證向轉出地海關保稅部門提出申請。轉出地海關審核同意后，在《申請表》上批注意見并注明不按轉關規定辦理的原因，通過計算機網絡把結轉內容傳輸至轉入地海關。《申請表》第一聯留存，另三聯由轉出企業交轉入企業。
2、轉入企業應在轉出地海關批準的《申請表》上填寫本企業的相關資料并蓋企業印章后，到轉入地海關辦理有關手續。
3、轉入地企業向主管海關遞交《申請表》、《登記手冊》和購銷合同或協議。辦結審批手續后，將《申請表》第三、四聯留存，憑以辦理結轉報關手續。
4、經海關同意實行分批送貨統一報關的，轉出企業應按海關批準的貨物數量進行實際送貨，轉入企業收貨后應在《保稅貨物實際結轉情況登記表》(以下簡稱《登記表》)上登記、簽章。在結轉計劃執行完畢或有效期內，轉入、轉出企業應憑雙方《登記手冊》、《申請表》、《登記表》、購銷合同或協議等單證到轉入地海關辦理形式進/出口報關手續。
5、一次性辦結送貨手續的，應在轉入地海關一次性辦理結轉報關手續。