中國出入境檢驗檢疫從其業務內容劃分，包括進出口商品檢驗、進出境動植物檢疫以及國境衛生檢疫。
中國出入境檢驗檢疫產生于19世紀后期，迄今已有100多年歷史。中國出入境檢驗檢疫的發展歷程是漫長和曲折的，只有在中華人民共和國成立后，中國出入境檢驗檢疫事業才得到迅速發展。
黨的十一屆三中全會以來，隨著對外經濟貿易的發展和對外交往的增多，中國出入境檢驗檢疫事業得到了前所未有的蓬勃發展。僅1998年，全國檢驗檢疫系統共檢驗進出口商品251.76萬批，檢驗貨值1,057.88億美元。堵住不合格出口商品1萬批，占出口商品檢驗批次的0.5%，有效促進了有關出口企業改進質量；查出不合格進口商品1.8萬批，貨值達16.8億美元，經及時出具檢驗證書供有關單位對外索賠，挽回了大量經濟損失。經嚴格審核，簽發普惠制產地證書185萬份，一般產地證書41.5萬份，簽證金額分別為406億美元和132.7億美元。檢疫進出境動植物及動植物產品220萬批，檢疫貨值2，261億元。對入出境的各類人員開展疫病檢測體檢57.7萬多人，檢出各種患病人數49,062人，占疾病檢測體檢人數的8.99%。其中艾滋病及艾滋病毒80例，霍亂2例，性傳播疾病1,014例，瘧疾42例，結核730例，登革熱14例，肝炎4,875例，澳抗陽性5,202例，其他疾病29,603例。在全體檢驗檢疫人員共同努力下，圓滿完成了依法把關，服務外經貿，確保出入境人員健康和國家經濟安全的各項任務。
一、中國進出口商品檢驗的產生和發展
(一)中華人民共和國成立前的進出口商品檢驗
19世紀后期，中國近代對外貿易逐漸發展起來。由于清政府的腐敗，西方列強侵略中國，霸占了中國海關的主權，同時控制了中國的對外貿易和商品檢驗主權。清同治三年（1864年），由英商勞合氏的保險代理人——上海仁記洋行代辦水險和船舶檢驗、鑒定業務，這是中國第一個辦理商檢業務的機構。隨后一些規模較大的外國檢驗機構，先后到上海及其他重 要口岸設立了公證檢驗機構，辦理洋行貿易商品的檢驗、鑒定工作，在對中外貿易關系中充當居間人，袒護本國商人經濟利益，控制了中國的進出口商品檢驗主權，成為對中國進行經濟侵略的工具之一。
辛亥革命后，國民政府迫于當時國內外形勢壓力，開始重視商品檢驗工作，在一些通商口岸設立了若干種商品的官方檢驗所，實施出口商品檢驗。
1928年，國民政府工商部頒布了《商品出口檢驗暫行規則》，規定對生絲、棉麻、茶葉等8類商品實施檢驗。
1929年，工商部又頒布了《商品出口檢驗局暫行章程》。同年，工商部上海商品檢驗局成立，這是中國第一個由國家設立的官方商品檢驗局。之后又在漢口、青島、天津、廣州設立了4個商品檢驗局，并在其他指定管轄地區設立了分支機構和辦事處。
1930年12月，工商部改為實業部， 各地商檢局改屬實業部領導。
1932年，國民政府行政院通過《商品檢驗法》，這是中國商品檢驗最早的法律。該法明確規定商品檢驗范圍包括進口和出口商品，對“有摻偽之情弊者、有毒害之危險者、應鑒定其質量等級者”，依法實施檢驗。同時規定，“應施檢驗之商品， 非經檢驗領有證書不得輸入輸出”，對違反該法者進行罰款或進行懲處，開創了中國對進出口商品實施法定檢驗的先河。
抗日戰爭初期，天津、上海、青島、廣州商檢局先后因淪陷而停辦或撤銷，漢口商檢局西遷重慶。
1939年先后設立重慶商檢局和昆明商檢局，這是抗戰時期國民政府管轄地區僅存的商檢局。
1940年汪偽政府公布了與國民政府商檢法內容完全相同的《商品檢驗法》和偽工商部《商品檢驗局組織條例》，在淪陷區陸續成立上海、天津、青島商品檢驗局，并公布應施檢驗的進出口商品的種類表，對列入種類表內的商品實施強制性檢驗。抗戰勝利后，國民政府恢復了天津、上海、青島、廣州、漢口等5個商檢局，連同重慶商檢局，當時全國共有6個商檢局，屬國民政府經濟部領導。
中華人民共和國成立前的商品檢驗，雖然有法律和法規作依據，也設有官方的商檢局實施檢驗工作。但由于中國當時處于半封建半殖民地的地位，中國商檢局的證書得不到國際上的承認，只能作為國內通關使用，不能在國際上發揮交貨、結匯、計費、計稅和處理索賠的有效憑證作用。
(二)中華人民共和國成立后的進出口商品檢驗
隨著天津、上海、青島、漢口、重慶、廣州的先后解放，人民政府接管了國民政府的商檢局。1949年10月1日中華人民共和國成立后，中央貿易部國外貿易司設立商品檢驗處，統一領導全國商檢工作。并在改造國民政府遺留下來的商檢局的基礎上，在大連、新疆設立了商品檢驗局。除青島、新疆兩局只管轄所在省和自治區的檢驗業務外，其它商檢局都實行按 大行政區劃和商品的流向跨省市自治區檢驗的體制。
1951年，中央人民政府政務院財政經濟委員會公布了《商品檢驗暫行條例》，這是中華人民共和國第一部關于進出口商品檢驗的行政法規。這個法規確定了輸入輸出商品檢驗的范圍，并規定“凡輸入輸出商品的衡量、鑒定等公證事項，統由商品檢驗局辦理”，體現了商檢工作集中、統一的特點。
1950年、1951年各地政府明令停止中外公證行的業務活動，規定一切檢驗和公證鑒定業務統由中國商品檢驗局辦理，中國境內不得設立外國檢驗機構，不準外國檢驗機構派員來華辦理公證鑒定業務，確立了中國檢驗機構獨立自主行使檢驗主權的 制度。條例的頒布實施有力地推動了商檢事業的發展，對打破西方貿易歧視政策，發展中國對外貿易發揮了重要的作用。
1952年，中央貿易部分為商業部和對外貿易部，在外貿部內設立商品檢驗總局，統一管理全國的進出口商品檢驗工作，加強了全國進出口商品檢驗工作的管理。
1953年，政務院 在《商品檢驗暫行條例》的基礎上，制訂了《輸出輸入商品暫行條例》（以下簡稱《暫行條例》），并于1954年1月3日公布實施。這個《暫行條例》進一步明確了商檢局統一辦理對外 公證鑒定工作的職能，并將國營企業外貿合同規定應經商檢的商品和應檢驗的動植物及其產品 有無害蟲、病菌的商品列為法定檢驗的范圍，加強了對進出口商品的檢驗管理。
1959年5 月11日，周恩來總理在各省市財貿書記會議上，針對出口商品存在的質量問題，強調對外貿易必須“重合同、守信用、重質先于重量”，必須盡快糾正不重視出口商品質量，不嚴格履行合同條款的傾向，強調商檢局要把好出口商品質量最后一道關。外貿部為此調整了應實施檢驗的商品種類表，進一步加強了對出口商品的品質管制。
通過全國商檢人員的共同努力，中國商檢證書很快在國外樹立了良好的信譽，得到世界各國的普遍承認，成為國際貿易中進出口商品交接、結算和處理索賠爭議具有法律效力的重要證件。
“文化大革命”期間，正常的工作秩序受到破壞，許多商檢機構被精簡甚至撤銷，大批商檢人員被下放，行之有效的規章制度被廢棄，進出口商品質量無法保證，國家經濟建設和對外貿易遭受嚴重損失。
1972年，針對出口商品質量下降，國外反映強烈的情況，對外貿易部發出了《關于把好出口商品質量關的通知》，要求商檢部門堅持合理的規章制度，加強檢驗和監督管理工作。各地商檢機構和廣大商檢人員克服種種干擾和困難，認真履行對進出 口商品質量把關的職責，使進出口商品檢驗、鑒定工作得以較快恢復。
1973年商檢總局在調查進口物資檢驗中發現大量進口設備材料，特別是國防建設的大型、精密、尖端設備，由于放松檢驗，放棄或喪失索賠權益，或被棄置、形同廢品，造成嚴重損失浪費。國務院領導同志對此做出“一切進口設備材料都要嚴格檢查”的重要批示。國家 計委據此發出了“關于加強進口物資檢驗工作的通知”，明確規定“商檢局統一管理進出口商品檢驗工作”。國務院、中央軍委聯合發出兩個文件，要求調查和加強國防建設物資器材 檢驗工作。在此基礎上，國家計委和外貿部聯合召開中央各部委和省、市、自治區計委、外貿局、商檢局參加的進口物資檢驗工作會議，國務院批轉了這次會議的報告，認為加強進口 物資檢驗工作對維護國家主權、保障社會主義建設、保護人民身體健康具有重要意義，要求各地區各部門根據對“進口的物資要加強檢驗管理的指示精神，切實把進口物資檢驗工作做 好。” 在國家計委和外貿部的領導和支持下，商檢總局在全面落實加強進口物資檢驗工作任務的同時，為適應統一管理全國進口商檢工作的需要，向國務院提出了改革商檢體制，加 強自身建設適應新的任務和發展的需要的建議：第一，將各地機構由1960年下放地方實行地方領導為主的雙重領導體制，改為以中央領導為主的體制；第二，各地商檢局的編制、人事、財務、固定資產、基本建設、劃歸中央，業務由中央領導，以利統一方針政策，統一法規制度，統一檢驗標準，統一對外。
1980年，國務院做出了關于改革商檢管理體制的決定，將外貿部商品檢驗總局改為中華人民共和國進出口商品檢驗總局(副部級)，并將各地商檢局的建制收歸中央，實行中央與地方雙重領導，以中央領導為主的垂直領導體制，地方局改稱進出口商品檢驗局，冠以所在省、 自治區和直轄市名稱。
1982年國務院機構改革，中華人民共和國進出口商品檢驗總局更名為中華人民共和國國家進出口商品檢驗局，由外經貿部歸口管理。
為適應新形勢的需要，1984年國務院發布《中華人民共和國進出口商品檢驗條例》（以下簡稱《商檢條例》）。《商檢條例》是一部內容完整、結構嚴謹的涉外經濟行政法規。它明確規定：國家商檢局是統一監督管理全國進出口商品檢驗工作的主管機關，明確了商檢機構的 檢驗范圍、檢驗內容、檢驗制度以及對違法行為的行政處罰等。?
隨著改革開放的不斷深入，中國的對外貿易有了很大的發展，進出口商品結構、貿易方式也發生了變化，國際市場對商品質量的要求越來越嚴，新的形勢迫切需要把多年來在進出口商品檢驗方面的經驗和權利、義務用法律的形式加以規定。
1986年國家商檢局成立商檢法起 草小組，認真總結商檢工作多年積累的經驗，調查研究并借鑒國內外有關法律法規規定，在《商檢條例》的基礎上起草了《商檢法》草案。
1989年2月，第七屆全國人大常委會第六 次會 議審議通過了《中華人民共和國進出口商品檢驗法》（以下簡稱《商檢法》）。《商檢法》規定了商品檢驗的宗旨是確保進出口商品質量，促進對外貿易的發展。它以法律的形式明確了：商檢機構對進出口商品實施法定檢驗，辦理進出口商品鑒定業務以及監督管理進出口商品檢驗工作等基本職責。《商檢法》同時規定了法定檢驗的內容、標準，以及質量認證、質 量許可、認可國內外檢驗機構等監管制度，并規定了相應的法律責任。
《商檢法》實施后 ，國家商檢局根據該法第31條的規定，制定了《中華人民共和國進出口商品檢驗法實施條例》以下簡稱《商檢法實施條例》）。《商檢法實施條例》經國務院批準，國家商檢局1992 年10月發布施行。
《商檢法實施條例》作為《商檢法》的配套法規，具體規定了商檢部門主管進出口商品檢驗工作的法律地位，規定了法定檢驗、鑒定業務的范圍、監督管理的各項 制度。并在符合《商檢法》基本原則的基礎上規定了商檢部門可以制定行業標準、開展外商投資財產鑒定、質量體系評審等業務。《商檢法》以及《商檢法實施條例》的發布施行，對于進一步加強進出口商品檢驗把關，維護國家利益和信譽，促進外貿發展具有重大的作用。
1994年機構改革，國家進出口商品檢驗局又升格為副部級，內設司室機構。
隨著進出口商品檢驗事業的蓬勃發展，檢驗機構和隊伍也不斷壯大。截止1998年，全國的進出口商品檢驗機構已增加到502個，從事進出口商品檢驗的人員數量已達到18,000 余人。
二、中國進出境動植物檢疫的產生和發展
(一)中華人民共和國成立前的進出境動植物檢疫
1840年鴉片戰爭后，清政府被迫實行“門戶開放”政策，英、美、法、俄、日本等國的大量輕工業產品流入中國，同時中國的農畜產品和工業原料被競相掠奪搜刮出境。中國最早的動物檢疫是1903年在中東鐵路管理局建立的鐵路獸醫檢疫處，對來自沙俄的各種肉類食品進行檢疫工作。
在海關主權和中國的進出口貿易都由外國操縱的情況下，動植物檢疫同樣也隨帝國主義的意愿而為之。
1913年英國為防止牛羊疫病的傳入，禁止病畜皮毛的進口，向中國政府提出檢疫要求。上海的英國商人為了使其經營的產品順利地出口到英國，聘請了英國的獸醫派得洛克在上海做出口肉類檢驗，并簽發獸醫衛生證書。1921年英國駐華使館照會中國政府外交部，要求執行英國政府頒布的《禁止染有病蟲害植物進口章程》。
1922年英國又以中國無國 家獸醫檢查機關為由，禁止中國的肉類進口。
在國外壓力和國內商人的強烈要求下，當時的北京張作霖軍政府農工部開始籌備設立“毛革肉類出口檢查所”，并于1927年制定公布了《毛革肉類出口檢查條例》、《毛革肉類檢查條例實施細則》，同時限制了染有炭疽病菌的肉類進口。當年在天津成立了“農工部毛革肉類 檢查所”。隨后，又在上海、南京設立分所，在東北的綏芬河、滿洲里設立工作點，具體執行毛、革、肉類的出口檢查任務。
1928年國民政府制定了《農產物檢查所檢查農產物規則 》、《農產物檢查所檢驗病蟲害暫行辦法》等一系列規章，成立了“農產物檢查所”，執行農產品的檢驗和植物檢疫任務。以上是中國官方最早的動植物檢疫機構和相關的動植物檢疫法規。
1930年國民政府將農礦部和工商部合并為實業部，“毛革肉類檢查所”與“農產物檢查所”統一劃歸1929年成立的商品檢驗局負責，隸屬實業部領導。
1932年12月14日，實業部公布 了《商檢法》。
1928年國民政府工商部《產品出口暫行規則》中列出應施檢驗的八種商品中包括棉麻、米、麥、雜糧等農產品和牲畜毛皮及副產品等畜產品，動物產品檢驗中，包括 宰前宰后檢驗等動物檢疫工作。
1939年4月上海商檢局開始實施植物病蟲害檢驗。這些法 律的頒布對于保護當時國內的農業和畜牧業起到了積極的作用，也促進了農畜產品的出口。
抗日戰爭爆發后，隨著天津、上海等大城市的淪陷，各地檢驗檢疫機構相繼停辦，除了少量的桐油、茶葉、蠶絲外，農畜產品的進出口量甚少，動植物檢疫工作基本上處于停滯狀態。也正是在這時，國外很多疫病傳入了中國，如甘薯黑斑病、蠶豆象、棉花黃枯萎病等。
(二)中華人民共和國成立后的動植物檢疫
中華人民共和國成立后，政府接管并改造了原有的商品檢驗局，于1949年建立了由中央貿易部領導的商品檢驗機構，1952年明確由外貿部商檢總局負責對外動植物檢疫工作，其中，畜產品檢驗處負責動物檢疫、農產品檢驗處負責植物檢疫。由于當時出口動物及其產品的數量 逐年增加，外貿部制定了《輸出輸入農畜產品檢驗暫行標準》，在對外貿易中發揮了很好的作用。1954年，政務院頒發《輸出輸入植物檢疫暫行辦法》、《輸出輸入植物應施檢疫種類 與檢疫對象名單》，規定進口的農林種子、苗木及播種材料、植物產品等必須實施植物檢疫。
1964年2月，國務院決定將動植物檢疫從外貿部劃歸農業部領導(動物產品檢疫仍由商檢局辦理 )。并于1965年在全國27個口岸設立了中華人民共和國動植物檢疫所， 以后又根據形勢發展的需要，在開放的口岸設 立進出境動植物檢疫機構。
“文化大革命”初期，進出境動植物檢疫工作受到嚴重干擾，有的機構被撤銷、人員被調離，進出境動植物檢疫工作一度陷入混亂，致使有些國外疫病傳入中國，如被列入一類檢疫對象對林業危害嚴重的美國白蛾就是這時通過丹東口岸傳入的。
針對當時的情況，從保護中國農業的角度出發，農業部于1966年制定了《農業部關于執行對外植物檢疫工作的幾項規定》（草案），對進出境（包括過境）植物檢疫的應檢范圍、報檢程序、報驗方法、檢疫處理和出證放行等做出詳細規定。這個規定對于規范當時的植物 檢疫工作，統一口岸執法，起到了積極的作用。同時，農業部還根據進口檢疫中出現的疫情，及時調整了《進口植物檢疫對象名單》。1971年農業部修訂了《口岸動物檢疫暫行條例》 。1974年又制定了《對外植物檢疫操作規程》，規定凡進出口植物及其產品的檢疫都要按照 “準備工作、現場檢疫、室內檢疫、評定與簽證”四個程序進行。農業部采取的這些措施， 對動植物檢疫工作起到了指導和統一、規范的作用。
改革開放以來，動植物檢疫恢復了正常的工作秩序。黨的十一屆三中全會以后，國家農委根據檢疫工作的實際，于1980年在《國家農委關于口岸動植物檢疫工作歸口統一管理問題的批復》中指出，為加強檢疫工作的領導，經與農業部、林業部、農墾部和國家水產總局研究， 同意口岸動植物檢疫工作恢復歸口農業部統一領導，從而結束了動植物檢疫政出多門的現象。
1982年，國務院正式批準成立國家動植物檢疫總所，并明確其性質為代表國家行使對外動植物檢疫行政管理職權，負責統一管理全國口岸動植物檢疫工作的局級事業單位。國家動植物檢疫總所的成立，將進出口動植物檢疫改為由中央和地方雙重領導，以中央領導為主的垂直 領導體制。
隨著改革開放的不斷深入，中國國內的各項工作逐步納入法制化的軌道。1982年，國務院頒布《中華人民共和國進出口動植物檢疫條例》（以下簡稱《條例》），以國家行政法規的形式明 確規定了進出口動植物檢疫的宗旨、意義、范圍、程序、方法以及檢疫處理和相應的法律責任。《條例》是中國進出境動植物檢疫史上第一部比較完善的檢疫法規。
1983年，根據《 條例》的授權，農業部制定了《中華人民共和國進出口動植物檢疫條例實施細則》，之后又發布了一系列配套規章，如《進口動物檢疫對象名單》、《進口植物檢疫對象名單》、《中 華人民共和國禁止進口植物名單》等。這些規章的發布，使進出境動植物檢疫的執法行為更加規范化、制度化，更好地保護了中國的農林牧漁業生產和人民身體健康，促進了對外貿易 的發展。
1987年3月，國家動植物檢疫總所成立檢疫法起草小組，著手進行調查研究，認真總結建國以來中國口岸動植物檢疫的經驗教訓，以及《條例》頒布以來的實施情況，結合國家已經頒布的海關、衛生等法律法規，同時，參照10多個國家的檢疫法規以及 國際動植物檢疫法典公約，歷經4年多時間，對檢疫法草案進行了多次修改和完善，《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》（以下簡稱《動植物檢疫法》）于1991年經七屆全國人大常委會二十二次會議審議通過，正式對外發布施行。
《動植物檢疫法》是中國頒布的第一部動植物檢疫法律，是中國動植物檢疫史上一個重要的里程碑，它以法律的形式明確了動植物檢疫的宗旨、性質、任務，為口岸動植物檢疫工作提供了法律依據和保證。它的頒布實施，擴大了中國動植物檢疫在國際上的影響，標志著中國 動植物檢疫事業進入一個新的發展時期。
1995年，國家動植物檢疫總所更名為國家動植物檢疫局。
1996年12月，國務院頒布《動植物檢疫法實施條例》，細化了動植物檢疫法中的原則規定，如進一步明確了進出境動植物檢疫的范圍，確定了國家動植物檢疫機關的職能，完善了檢疫 審批程序和檢疫監督制度，進一步規范了實施行政處罰的規則和尺度。
《動植物檢疫法》及其《實施條例》頒布施行后，農業部、國家動植物檢疫局根據工作的需要，先后制定了一系列配套規章及規范性文件。如《進境動物一二類傳染病、寄生蟲病名錄》、《禁止攜帶、郵寄進 境的動物、動物產品和其他檢疫物名錄》、《進境植物檢疫危險性病、蟲、雜草名錄》、《進境植物檢疫禁止進境物名錄》等。這些規章及規范性文件的執行，對于實現進出境動植物 檢疫 “把關、服務、促進” 的宗旨發揮了重要的作用。
隨著進出境動植物檢疫事業的蓬勃發展，檢疫機構和隊伍也在迅速壯大。截止1998年，檢疫機構已發展到364個，全國從事動植物檢疫的人員達6300余人。
三、中國國境衛生檢疫的產生和發展
(一)中華人民共和國成立前的國境衛生檢疫
鴉片戰爭以后，一系列不平等條約的簽訂，打破了清政府閉關鎖國的對外政策。隨著沿海口岸的相繼開放，中國對外通商日益發展，同時，各類傳染病傳入的可能性也大大增加。
1873年，由于印度、泰國、馬來半島等地霍亂的流行并向海外廣泛傳播。帝國主義為了鞏固和擴大他們在華的既得利益，在其控制下的上海、廈門海關設立了衛生檢疫機構，訂立了相應的檢疫章程，并任命一些當時被外國掌管的海關官員為衛生官員，開始登輪檢疫。這就是中 國出入境衛生檢疫的雛形。
1910年和1921年，中國東北兩次鼠疫大流行，為了加強衛生檢疫工作，減少疫情帶給人民的災難，當時的東三省防疫總管理處向南京國民政府提出從海關收回衛生檢疫權的要求。歷經數年 的努力，經國民政府批準終于達成協議：在上海建立全國海港檢疫總管理處，自1930年7月1日始先收回上海海港檢疫機構，由外國人掌握權力的中國海關交回中國政府管理。總管理處訂立全國檢疫章程，呈中央政府批準后施行，總管理處負責分期收回上海港以外的各口岸衛生檢疫機構。
由于當時的衛生檢疫隸屬于不同的海關，又沒有統一的衛生法典，所以各地執法不一，雖然對出入境的人員、運輸工具及貨物實施了一定的檢疫、消毒及其他處理，但仍未有效控制疫病的傳入傳出。
1930年，各地衛生檢疫從海關分離出來，成為一個獨立部門，隸屬國民政府內務部衛生署領導。衛生署先后在上海、天津、廣州、漢口、滿洲里、廈門等口岸設立海港檢疫管理處和衛生檢疫所，負責出入境衛生檢疫。同年頒布了《海港檢疫章程》，這是中國第一部全國統一的衛生檢疫法規，從此結束了海港衛生檢疫各自為政的狀態。該章程參照了《國際衛生公約》的規定，從內容和方法上統一了衛生檢疫，規定衛生檢疫的對象為人、運輸工具、貨物和 獸類；檢疫傳染病為：鼠疫、霍亂、天花、黃熱病及斑疹傷寒。中國衛生檢疫機關可以對外宣布疫區及疫港。1931至1932年，海港檢疫總管理處從海關收回了汕頭、營口 、塘沽、秦皇島等衛生檢疫所。
1937年，抗日戰爭爆發，大部分港口被日本占領，上海檢疫工作暫由港務局代管，檢疫行政由海關主持，具體業務由中日雙方醫師共同負責，淪陷區其他口岸由日本人接辦。在國民政府管轄地區設有宜渝（漢口、宜昌、重慶）與滇邊檢疫所。
1945年抗戰勝利后，國民政府衛生署先后從海關收回天津、上海、秦皇島、廣州等檢疫所，并成立大連、臺灣檢疫總所。
1946年，為了進一步規范各地實施的衛生檢疫工作，衛生署 公布了《出國旅客健康檢查規則》、《交通檢疫實施辦法》、《海港檢疫所組織規程》、《海港檢疫所消毒熏蒸規則》等一系列法規規章，對檢疫所的組織建制、檢疫機關的權利義務 等均做了明確的規定。中國航空衛生檢疫也于1943年在重慶開始實施，1946年制定了《航空檢 疫章程草案》。草案規定：凡由外國或傳染港來的飛機一律按規定檢疫及消毒，并檢查健康 證明。
這一時期的衛生檢疫，由于設立了海港總管理處，并且頒布了全國統一的衛生檢疫法規，中國的衛生檢疫事業有了一定的發展。此期間頒布的各種章程、法規，基本包括了衛生檢疫方面的實體法和程序法。但是，由于國民政府的政權在總體上仍受制于外人，衛生檢疫法規在外國人面前顯得軟弱無力，甚至出現有法不能執行的情況。
(二)中華人民共和國成立后的國境衛生檢疫
中華人民共和國成立后，中央人民政府衛生部防疫處設立防疫科，接管了原有的17個海陸空檢疫所并更名為“交通檢疫所”。除天津、塘沽、秦皇島檢疫所由衛生部直接領導外，其他各 所分別劃歸東北、華北和中南大行政區軍政委員會衛生部領導。
1950年2月，衛生部召開建國后第一次全國衛生檢疫會議。1953年1月，衛生部通知將各地交通檢疫所移交有關省、市、自治區衛生廳直接領導，北京、天津、秦皇島檢疫所仍由衛生部直接領導。
1957年，第一屆全國人大常委會第88次會議通過《中華人民共和國國境衛生檢疫條例》(以下簡稱《衛生檢疫條例》)。條例將鼠疫、霍亂、黃熱病、天花、斑疹傷寒和回歸熱列為檢疫傳染病。這是中華人民共和國成立以來頒布的第一部衛生檢疫法規，從此衛生檢疫工作有了全國統一的行政執法依據。
1958年，衛生部根據《衛生檢疫條例》的授權，發布《中華 人民共和國國境衛生檢疫條例實施細則》。《衛生檢疫條例》及其實施細則，對海陸空港衛生檢疫工作做了比較全面的規定，它是在總結中國衛生檢疫80多年立法經驗的基礎上制定的，符合中國當時的衛生檢疫的國情，科學性、實踐性都比較強，對防止傳染病的傳入和傳出，保障人民身體健康，促進外貿發展與人員交往起到了很大的作用。
“文化大革命”期間，衛生檢疫工作遭到嚴重破壞，衛生檢疫組織基本處于癱瘓狀態，有的被合并，有的被撤銷，大批業務人員下放農村勞動，一些傳染性疾病悄然由國外傳入，鼠患、蟲媒密度上升，給疾病傳播創造了條件。
黨的十一屆三中全會以來，黨和政府非常重視衛生檢疫工作，衛生部先后發布《國境口岸傳染病監測試行辦法》、《國境口岸衛生監督辦法》、《實施衛生監督辦法若干規定》等部門規章。這些規章補充了原來法規的不足，使衛生檢疫改變了以前守關把口的傳統模式，將檢疫查驗、疫病檢測、衛生監督三者有機地結合起來，從而改善了國境口岸衛生檢疫工作的面貌，擴大了衛生檢疫在國內外的影響。
1980年，衛生部發布《國境衛生傳染病檢測試行辦法》，規定流行性感冒、瘧疾、登革熱、脊髓灰質炎等為檢測傳染病。次年衛生部又發布《中華人民共和國國境口岸衛生監督辦法》 。這一系列規章的頒布，極大地豐富了衛生檢疫工作的內容，并對當時的衛生檢疫工作起到了重要的指導作用，同時也為衛生檢疫立法提供了很好的經驗。
隨著中國改革開放的持續深入，經濟迅速發展，入出境的人員和貨物數量也日益增加，衛生檢疫任務十分繁重。為了適應新形勢，促進對外貿易，繁榮中國經濟，1986年12月2日，經第六屆全國人大常委會第十八次會議審議通過，頒布了《中華人民共和國國境衛生檢疫法》（以下簡稱《國境衛生檢疫法》）。隨后，衛生部根據《國境衛生檢疫法》的授權，于1989 年發布了《中華人民共和國國境衛生檢疫法實施細則》。《國境衛生檢疫法》及其實施細則 以法律法規的形式規定了新形勢下衛生檢疫機構的職責、檢疫對象、主要工作內容、疫情通報、發生疫情時的應急措施以及處理程序。同時，對入出境人員、運輸工具檢驗檢疫、物品 檢疫查驗、臨時檢疫、國際間傳染病監測、衛生監督和法律責任也做了相應的規定。《國境衛生檢疫法》的發布施行標志著中國國境衛生檢疫工作進入了法制化管理的軌道。
為適應國境衛生檢疫工作發展的需要，1988年5月4日，中華人民共和國衛生檢疫總所成立，同年6月26日，衛生部發文確定第一批15個省、市、自治區衛生檢疫機構上劃衛生部直 接領導，至1992年全部上劃完畢。1992年各地衛生檢疫所更名為“中華人民共和國xxx衛生檢疫局”，1995年中華人民共和國衛生檢疫總所更名為“中華人民共和國衛生檢疫局”。隨著國境衛生檢疫事業的蓬勃發展，檢疫隊伍也在不斷壯大。截止1998年，衛生檢疫機構由原有的17個檢疫所發展到直屬國家衛生檢疫局的114個國境衛生檢疫所，全國從事國境衛生檢疫工作的人數已達5,000余人。
中國的進出口食品衛生檢驗，是中華人民共和國成立之后才建立和發展起來的。其中出口食品衛生檢驗，一直由商品檢驗機構負責。
建國初期出口食品衛生主要進行微生物和有害重 金屬污染的檢驗。70年代初隨著國外對食品衛生要求和管理越來越嚴，逐步開展了黃曲霉毒素、放射性污染、農藥殘留、獸藥殘留、食品添加劑和其他污染物等高新技術的檢驗，并實施了對肉類和食品加工廠的加工衛生條件的注冊登記和監督管理。1982年11月，全國人大常委會公布了《食品衛生法》(試行)，1995年10月又正式修訂為《食品衛生法》，明確規定“出口食品衛生由商品檢驗機構監督檢驗”。國家商檢局與衛生部于1984年7月聯合發 布《出口食品衛生管理辦法》，使出口食品衛生監督檢驗完全步入正規發展的軌道。
進口食品衛生檢驗開始于60年代我國從國外進口糧油食品之時，初期進口食品衛生也由商品檢驗部門監督檢驗。1974年國務院以84號文件將進口食品衛生劃歸各口岸衛生檢疫所辦理， 并由衛生部報國務院批準承擔進口食品衛生檢驗的防疫站可掛“進口食品衛生監督檢驗所”的牌子。
《食品衛生法》頒布后，進口食品衛生監督機構全面開展進口食品、食品添加劑、食品容器、包裝材料和食品工具、設備、洗滌劑、消毒劑的檢驗，并負責辦理進 口食品 經營部門和口岸餐飲業的注冊登記工作。1999年出入境檢驗檢疫局成立后，統一了全國的進出口食品衛生監督檢驗工作。
四、中國出入境檢驗檢疫發展的新紀元
黨的十一屆三中全會以來，中國出入境檢驗檢疫得到了長足、全面和迅速的發展。進出口商品檢驗、動植物檢疫、衛生檢疫在機構建設、隊伍建設、法規建設、設施裝備等各個方面不斷發展壯大。為了更好地適應中國對外開放和發展外向型經濟的需要，適應日益擴大的國際經濟合作和對外貿易的需要，適應加入世界貿易組織及消除國際貿易技術壁壘的需要 ，1998年3月，全國人大九屆一次會議批準通過的國務院機構改革方案確定，國家進出口商品檢驗局、國家動植物 檢疫局和國家衛生檢疫局合并組建國家出入 境檢驗檢疫局。并于1998年4月成立。
新的國家出入境檢驗檢疫局是主管全國出入境 衛生檢疫、動植物檢疫和商品檢驗的行政執法機構，其職責更加明確，法律地位更加清晰，機構和人員更加精簡、高效。國家出入境檢驗檢疫局設立在各地的直屬局于1999年8月10 日同時掛牌成立。這標志著中國的出入境檢驗檢疫事業已全面進入新的時期。國家出入境檢驗檢疫局和各直屬局的成立，開辟了中國出入境檢驗檢疫事業發展的新紀元。