辣（甜）椒爛果是多種病害的共同癥狀，但病源不同，癥狀各異，防治方法也不一樣。
一、軟腐病引起的爛果。初呈水漬狀暗綠色斑，后全果軟腐，具惡臭，果皮變白，干縮后脫落或掛在枝上。其它部位很少癥狀。可噴施72%農用鏈霉素4000倍液或50%DT殺菌劑500倍液，7天1次，連噴2～3次。棉鈴蟲、煙青蟲是傳病媒介，要及時用菊酯類農藥噴殺。
二、疫病引起的爛果。多數先從蒂部染病，呈水漬狀灰綠色斑，后迅速變褐軟腐。潮濕天氣，表面長出稀疏的白色霉層，病果干縮不脫落。其它部位如莖杈枝葉上，常有水漬狀褐斑。可噴64%殺毒礬與55%瑞毒霉混合液（50千克水中，兩藥各加100克），或58%甲霜靈錳鋅400倍液，或47%加瑞農800倍液，7天1次，連噴2～3次。
三、灰霉病和菌核病引起的爛果。灰霉病以門椒、對椒發病較多，在幼果頂部或蒂部出現褐色水漬狀病斑，后凹陷腐爛，呈暗褐色，表面出現灰色霉層，其它部位癥狀較少。菌核病由果柄發展到全果，呈水漬狀腐爛，淺灰褐色，其它部位也有相似的癥狀。防治上述兩病，濕度大時可用速克靈煙劑薰，濕度不大時可選噴速克靈、菌核凈或50%速克靈與70%甲基托布津混合液（60千克水中兩藥各加50克），或40%菌核凈與50%撲海因混合液（60千克水中兩藥各加50克），6天1次，連噴2～3次。
四、炭疽病引起的落果。接近成熟時易染病。初呈水漬狀黃褐色圓斑，中央灰褐色，上有稍隆起的同心輪紋，常密生小黑點。潮濕時，病斑表面常溢出紅色粘稠物；干燥時，病部干縮成膜狀，易破裂露出種子。葉片染病，初為水漬狀褪綠斑點，后變為邊緣褐色，中部淺灰色的小斑。可選噴百菌清、甲基托布津和新萬生，以新萬生效果最好，7天1次，連噴2～3次。
五、綿腐病引起的爛果。果實受害腐爛，濕度大時，上生大量白霉。可噴50%DT殺菌劑500倍液或14%絡氨銅水劑300倍液，7天1次，連噴2～3次。
六、黑霉病引起的爛果。一般果預先發病，也有的從果面開始，初期病部顏色變淺。果面漸漸收縮，并生有綠黑色霉層。可噴50%DT殺菌劑500倍液或58%甲霜靈錳鋅400倍液，7天1次，連噴2～3次。
七、日灼病引起的爛果。高溫天氣，果實向陽部分，受陽光直曬，使果皮褪色變硬，產生灰白色革質狀斑，易被其它菌腐生，出現黑霉或腐爛。應及時澆水，改善田間小氣候，均衡供水，減少該病發生。
八、臍腐病引起的爛果。果實臍部受害，初呈暗綠色水漬狀斑，后迅速擴大，皺縮，凹陷，常因寄生其它病菌而變黑或腐爛。可于著果后噴灑1%過磷酸鈣或0.1%氯化鈣。如病部變黑或腐爛，可按黑霉病或軟腐病防治。
