應用目的方面

　　內控規范與ISO 標準都是建立外部信任的目的，都有著體系運行需要提供證據證實過程被有效執行的要求，都有著內部審計和外部審計的行為，兩者都是企業經營管理體系的重要組成部分。

　　但是，ISO 標準所實現的是質量相關證實，是從維護客戶的利益出發來思考問題，防范質量信息欺詐現象的發生；而企業內控體系所在意的是資金流以及物流直接相關的過程，是從維護股東即投資人的利益出發來實施管控，尤其是財務報告數據的真實性，防范財務信息欺詐的發生。

　　質量反映著過程與手段，財務反映著結果與目的，質量上出了問題，結果必然會反映到財務上來，從這個意義上講，內控規范與ISO 9001要求都是企業需要的，而不可偏廢。

　　管控方法的方面

　　兩者均是采用確定關鍵控制點的方式來實現，都遵循如下原則

　　識別管控要點與要求

　　過程人員職責需到位

　　過程需要被有效執行

　　過程需要具備有效性

　　內控規范明確規定了需要遵循成本效益原則，而ISO 標準中則沒有涉及到財務方面的規定和要求。在管控要點上，各自根據各自的目的也是差異非常大，內控規范所關注的是資金流直接相關的資金管理、籌資管理、投資管理、預算管理、成本費用等等；ISO 9000標準的要求則不涉及這些直接財務過程，僅有部分業務內容與內控規范涉及業務的銷售、采購、存貨、合同、第三方的資產等過程要求相重疊，畢竟產品損壞既是資產問題，也是質量問題，但關注重點也不一樣。

　　從表面上看，雖然內控規范不涉及產品質量過程以及質量控制設備等，但是，所有的生產活動的展開都會跟錢拉上關系，都會在經營活動中預算管理、成本費用上得到體現，并進而傳遞到資金管理上，從而也是存在著相關性，并非是完全無關。

　　人力資源的方面

　　在內控規范和ISO 9001標準中，都涉及到人力資源方面的管理要求，比如管理職責需要到位、崗位任職資格要求，都提出了全員參與等等，這也充分說明人力資源管理對于企業經營風險控制中的作用，事是靠人來做的，人的風險是最大的風險。

　　兩者在人力資源管理的要求深度上有著較大的差別；ISO 9001標準中，原則性的提出了能力管理、培訓要求、員工激勵、員工滿意度測量、離職調查分析等等，而企業內控規范所涉及的規定則是更加具體和全面，在其人力資源政策指引中，全面地提出了各項操作性的具體要求，基本上涉及人力資源管理的各個方面流程的要求，僅出于防范風險目的的定期輪崗、強制休假、不相容崗位分離、保密控制等均有詳細規定，甚至對于企業文化建設都提出具體的要求，尤其是與能力管理無關的道德問題的重視，這也是與ISO9001標準的最大差別之處。

　　在ISO 9001標準中，有對人員培訓的記錄要求，而在內控規范中，對此卻只是做了原則性規定。

　　過程循環的方面

　　無論是企業內控規范還是ISO 9001標準，都是在強調事先的計劃概念，通過事先的措施來防范事后的風險的發生，同時都是基于動態管理的思維，講求測量、分析、改進，但是兩者在不同領域的關注程度是不一樣的。

　　在體系管理上，ISO 9001更加關注文檔化的體系，體系文件和資料等強調版本控制的改進循環，以防止錯誤引用過期版本的情況，而內控體系要求中則沒有，可能這是因為財務控制比較集中，標準的使用出錯概率很小的緣故，不像業務過程涉及面太廣，出錯風險大，故而需要加大管控成本。

　　職能管理上，企業內控規范所確定的風險控制框架本身就是一個循環，建立環境、評估風險、開展控制、信息溝通以及監督改進這五個步驟可以說是彼此相連接的，比如內部監督發現內部環境出現問題需要改進，那就會帶來這實施內控的基礎架構上的改變。相比之下，ISO 9001標準對于過程循環的要求深度比企業內控規范要高，這也是由于其管理范圍的復雜程度所決定的，無論是對于橫向的業務過程，還是縱向的管理過程。

在過程循環中，內控管理規范明確提出了信息技術應用的要求，而在ISO 9001標準中則沒有這樣的規定。

　　對于既包括著質量控制同時又包含有財務內控的過程，比如說企業的采購業務，內控體系則要求具有更多的細致管控內容，比如涉及財務方面的事先計劃層面采購計劃/合同的審批以及事后層面的付款條件審核、復審、憑證、發票等等，輔助層面的采購不相容崗位規定、定期崗位輪換等等，都是在質量控制過程不包含的，對于供應商的評價選擇、采購合同控制、采購驗收控制則是兩個體系中都包含有的。

   已經通過了iso9000認證也要與內控結合才可以使組織管理更有效化。